Postdoktorandin / Postdoktorand (d/w/m) Neuroimmunologie in Berlin

Wir suchen eine hochmotivierte Postdoktorandin / einen hochmotivierten Postdoktoranden mit fundiertem Hintergrund in der Immunologie und Einzelzell-Analysen. Die Position bietet die Möglichkeit, an der Schnittstelle von Klinik und Labor in einem dynamischen, internationalen Team zu arbeiten, das sich mit antikörpervermittelten und autoimmunen Erkrankungen des Nervensystems beschäftigt. Wir begleiten Patientinnen und Patienten longitudinal und kombinieren wiederholte Probenentnahmen mit Einzelzell-Analysen, Antikörper-Klonierung und translationaler Immuntherapie; dadurch werden Fragestellungen zugänglich, die sich am Menschen sonst kaum bearbeiten lassen.

Das antibody & brain lab ist bewusst interdisziplinär aufgestellt: Klinikerinnen / Kliniker, Laborwissenschaftlerinnen und -wissenschaftler und Bioinformatikerinnen / -informatiker arbeiten in derselben Gruppe zusammen. Mehr über das Team und seine Forschung erfahren Sie unter antibodybrainlab.com.

Die erfolgreiche Bewerberin / der erfolgreiche Bewerber übernimmt die Verantwortung für die Einzelzellanalyse (scRNAseq) gepaarter Liquor- und Blutlymphozytenpopulationen über die Projekte der Gruppe hinweg und entwickelt eine eigene wissenschaftliche Fragestellung in diesem Bereich. Die Position bietet substanzielle wissenschaftliche Eigenständigkeit, Zugang zu einer prospektiven Patientenkohorte mit laufender Rekrutierung sowie die Möglichkeit, ein translationales Forschungsprogramm von der Patientenprobe bis zum molekularen Mechanismus mitzugestalten.

Die Stelle im Überblick:

• Verantwortung für den Einzelzell-Workflow der Gruppe von der Probenverarbeitung und Sortierstrategie bis zur Datenanalyse und -interpretation; Entwicklung und Optimierung mehrfarbiger Durchflusszytometrie-Panels für Lymphozytenpopulationen in klinischem Material sowie Durchführung von Zellsortierungen.
• Generierung von Einzelzell-Datensätzen aus gepaarten Liquor- und Blutproben, einschließlich Transkriptom- und gepaarter BCR/TCR-Repertoiredaten, sowie Integration dieser Daten zur Charakterisierung krankheitsassoziierter Lymphozytenpopulationen und klonaler Dynamik im Zeitverlauf.
• Entwicklung und Bearbeitung einer eigenständigen Forschungsfrage im wissenschaftlichen Fokus der Gruppe, z.B. zur Entstehung von Autoimmunität nach Infektionen des zentralen Nervensystems.
• Präsentation der Ergebnisse auf internationalen Konferenzen, Federführung bei der Manuskripterstellung sowie Betreuung von Promovierenden und Medizinstudierenden im Team.

Sie werden als wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter beschäftigt: Nach §110 (4), Satz3 sieht das BerlHG für wissenschaftliche Mitarbeitende eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation vor.

Danach suchen wir:

• Promotion (PhD) in Immunologie, Neurowissenschaften, Systembiologie, Molekularbiologie oder einer verwandten Disziplin; fundierter Hintergrund in Immunologie, insbesondere adaptiven Immunantworten.
• Umfangreiche praktische Erfahrung mit primären humanen Immunzellen sowie nachgewiesene Expertise in mehrfarbiger oder Spektral-Durchflusszytometrie, einschließlich Panel-Design, Optimierung, Zellsortierung und Datenanalyse.
• Praktische Erfahrung mit Einzelzelltechnologien, einschließlich scRNA-seq und Immunrepertoire-Sequenzierung, von der Probenverarbeitung über die Sortierstrategie bis zur Sequenzierungsvorbereitung.
• Eigenständige Analyse von Einzelzelldatensätzen in R oder Python (z.B. Seurat, Scanpy), inklusive Qualitätskontrolle, Integration, Clustering, Zelltyp-Annotation und Differenzialexpression.
• Ausgeprägte organisatorische Fähigkeiten und die Fähigkeit, mehrere Projekte parallel zu betreuen, sowie verhandlungssichere Englischkenntnisse in Wort und Schrift; Deutschkenntnisse sind nicht erforderlich.

Von Vorteil:

• Erfahrung mit B-Zell-Biologie, Antikörperantworten oder Antikörper-Engineering.
• Erfahrung mit limitiertem klinischem Material wie Liquor, Feinnadelaspiraten oder Biopsien.
• BCR- oder TCR-Repertoire- und klonale Lineage-Analyse.
• Erfahrung mit longitudinalen Probensammlungen und Batch-Design.
• CITE-seq, Cell Hashing oder Multiplexing-Ansätze.
• Forschungserfahrung im Bereich neuroinflammatorischer, autoimmuner oder postinfektiöser Erkrankungen.

Das bringt die Charité mit:

• Ein etabliertes prospektives Kohortenprojekt mit laufender Rekrutierung und standardisierter gepaarter Liquor- und Blutprobenentnahme.
• Einbindung in die DFG-geförderte Klinische Forschungsgruppe BECAUSE-Y (Berlin Center for the Diagnosis, Understanding and Treatment of Antibody-mediated Neurological Diseases), die klinische, immunologische und bildgebende Expertise an Charité und DZNE bündelt.
• Ein klinisch eingebettetes Forschungsumfeld mit direktem Zugang zu gut charakterisierten Patientinnen und Patienten; Patientenrekrutierung und klinische Dokumentation erfolgen durch das klinische Team.
• Zugang zu Core Facilities für Sequenzierung und Zytometrie sowie Raum für den Aufbau einer eigenständigen wissenschaftlichen Linie, mit Unterstützung bei Publikationen von Erstautorinnen / -autoren sowie bei eigenen Fellowship- und Förderanträgen.
• Das Berliner biomedizinische Forschungsumfeld mit engen Verbindungen zu DZNE, MDC und BIH.