PhD and postdoctoral positions in Molecular Microbiology

Die Abteilung für Biomedizin ist eine gemeinsame Initiative der Universität Basel und der Universitätskliniken Basel. Sie vereint Grundlagen- und klinische Wissenschaftler, um unser Verständnis von Gesundheit und Krankheit zu verbessern und Therapien für Bereiche mit unbefriedigten medizinischen Bedürfnissen zu entwickeln. Mit über 70 Forschungsgruppen und 800 Mitarbeitern ist die Abteilung für Biomedizin die größte Abteilung an der Universität und befindet sich an sechs Standorten im Stadtzentrum von Basel.

Wir suchen einen Postdoktoranden und einen Doktoranden in der molekularen Mikrobiologie, um die genetischen Grundlagen der Arzneimittel-Toleranz bei Mycobacterium abscessus zu untersuchen, einem der herausforderndsten bakteriellen Erreger, die zu behandeln sind. Die Positionen sind Teil eines neu finanzierten internationalen Konsortiums, das Experten für mykobakterielle Genetik, Hochdurchsatz-Phänotypisierung, strukturelle Biologie und klinische Forschung aus der Schweiz, Israel, Australien und den USA zusammenbringt.

Antibiotika-Behandlungen für M. abscessus schlagen bei mehr als der Hälfte der Patienten fehl, trotz offensichtlicher in vitro Arzneimittelaktivität. Ein Hauptgrund dafür ist die Arzneimittel-Toleranz, die Fähigkeit von Bakterien, Antibiotika-Exposition zu überstehen, ohne klassische Resistenzen zu entwickeln. Unser Labor hat eine großangelegte Live-Cell-Imaging-Plattform entwickelt, die Hunderte Millionen von Bakterien während der Antibiotika-Exposition verfolgt und eine systematische Analyse der Dynamik des bakteriellen Abtötens über Stämme und Medikamente hinweg ermöglicht. In diesem Projekt zielen wir darauf ab, die genetischen Determinanten des Überlebens und des Todes von Bakterien zu identifizieren und ein Toleranzatlas zu erstellen, der Genotyp, Phänotyp und klinische Ergebnisse verknüpft.

Postdoktorandenrolle

Der Postdoktorand wird den Bereich der molekularen Mikrobiologie des Projekts leiten. Sie werden gepoolte CRISPRi-Bibliotheken über mehrere genetische Hintergründe von M. abscessus und infektionsrelevante Bedingungen generieren und screenen, wobei auf Lebensfähigkeit basierende Auswahlstrategien verwendet werden, um das bakterielle Abtöten im großen Maßstab zu quantifizieren. Sie werden diese Ergebnisse mit genomischen Daten von mehr als 1.000 klinischen Isolaten integrieren, um prädiktive Modelle zu erstellen, die Genotyp mit Toleranzphänotypen und klinischen Ergebnissen verknüpfen. Sie werden auch einen Doktoranden co-supervisieren und helfen, die wissenschaftliche Richtung des Projekts zu gestalten.

Für die Postdoktorandenposition suchen wir Kandidaten mit:

• einem Doktortitel in Molekularbiologie, Mikrobiologie oder einem verwandten Fachgebiet.
• einer starken Erfolgsbilanz in molekularer Mikrobiologie oder bakterieller Genetik.
• Expertise in molekularer Bakteriologie, z.B. CRISPRi oder genetischer Manipulation.
• Grundkenntnissen in Programmierung in Python oder R für Datenanalysen.
• der Fähigkeit, Experimente unabhängig zu entwerfen und durchzuführen.
• starker Motivation, wissenschaftlicher Neugier und Antrieb.
• der Fähigkeit, kollaborativ zu arbeiten und jüngere Forscher zu betreuen.
• Erfahrung mit Mykobakterien, Hochdurchsatz-Imaging oder Screening-Ansätzen wäre von Vorteil.

Doktorandenrolle

Der Doktorand wird zur experimentellen Entwicklung und Anwendung genetischer Screening-Ansätze in M. abscessus beitragen. Das Projekt bietet Schulungen in molekularer Mikrobiologie, mykobakterieller Genetik, Antibiotika-Toleranz-Assays, hochdurchsatzfähiger Phänotypisierung, sequenzierungsbasierten Auswertungen und quantitativer Datenanalyse. Der genaue Projektfokus wird auf den Hintergrund und die Interessen des Kandidaten zugeschnitten.

Für die Doktorandenposition suchen wir Kandidaten mit:

• einem starken Hintergrund in Mikrobiologie, Molekularbiologie, Infektionsbiologie oder einem verwandten Bereich.
• einem klaren Interesse an bakterieller Genetik und Antibiotika-Toleranz.
• starkem analytischen Denken und Motivation, mit quantitativen experimentellen Daten zu arbeiten.
• der Fähigkeit, sorgfältig, unabhängig und im Team zu arbeiten.
• früherer Erfahrung mit bakterieller Genetik, Imaging, Sequenzierung oder Programmierung wäre von Vorteil, ist aber nicht erforderlich.

Was wir bieten

Eine vollständig finanzierte Postdoktorandenstelle für bis zu 4 Jahre und eine vollständig finanzierte Doktorandenstelle in einem internationalen Forschungsumfeld. Zugang zu modernsten Technologien, einschließlich Automatisierung, Sequenzierung und hochdurchsatzfähigem Live-Cell-Imaging. Ein Projekt, das darauf abzielt, die Art und Weise, wie die Wirksamkeit von Antibiotika verstanden und gemessen wird, neu zu gestalten. Enge Integration mit der Arzneimittelentwicklung, klinischer Mikrobiologie und internationalen Partnern. Unterstützung bei der Beantragung unabhängiger Mittel, Karriereentwicklung und wissenschaftlicher Sichtbarkeit. Wettbewerbsfähiges Gehalt und hervorragende Lebensqualität in der Schweiz.

Bewerbung

Bitte laden Sie ein einzelnes PDF-Dokument hoch, das ein Motivationsschreiben, einen Lebenslauf, akademische Transkripte, Kontaktdaten von mindestens zwei Referenzen und für Postdoktorandenbewerber eine kurze Beschreibung eines Projekts, das Sie verfolgen möchten, enthält. Bewerbungen werden fortlaufend geprüft, bis die Stellen besetzt sind.