Bioinformatician in Microbiome Research

Das Institut für Mikrobiologie an der ETH Zürich lädt Bewerbungen für einen Bioinformatiker im Mikrobiomforschungs-Labor ein. Wir suchen eine hochmotivierte, qualifizierte und organisierte Person zur Unterstützung mehrerer experimenteller und computergestützter Forschungsgruppen. Der erfolgreiche Kandidat wird sowohl zu einem kollaborativen Forschungsnetzwerk als auch zu institutsweiten Aktivitäten beitragen, einschließlich Datenmanagement und der Wartung von Computerinfrastruktur und Software.

Hintergrund des Projekts

Die Position ist Teil des Instituts für Mikrobiologie an der ETH Zürich und eng mit Projekten innerhalb des NCCR Mikrobiome verbunden. Der NCCR Mikrobiome ist ein landesweites, interdisziplinäres Forschungsprogramm, das experimentelle und computergestützte Forscher zusammenbringt, um die Struktur, Funktion und Dynamik von Mikrobiomen in verschiedenen biologischen und umweltbezogenen Systemen zu verstehen und zu gestalten. Mehrere Forschungsgruppen am Institut für Mikrobiologie tragen zum NCCR Mikrobiome bei. Der Bioinformatiker wird eine zentrale Rolle bei der Unterstützung kollaborativer Forschungsprojekte im Netzwerk durch fortgeschrittene Datenanalyse, Interpretation und Visualisierung unter Verwendung reproduzierbarer computergestützter Workflows spielen. Darüber hinaus unterstützt die Position institutsweite bioinformatische Aktivitäten, einschließlich des Managements von Daten und gemeinsamer Computerinfrastruktur, um eine effiziente und nachhaltige Mikrobiomforschung zu ermöglichen.

Stellenbeschreibung

Der Verantwortungsbereich wird daher an die Qualifikationen und Erfahrungen des erfolgreichen Kandidaten angepasst. Zu den Hauptaufgaben gehören:

• Unterstützung und Beitrag zu Forschungsprojekten von Doktoranden und Postdoktoranden am Institut für Mikrobiologie durch Anwendung und Beratung zu geeigneten bioinformatischen, biostatistischen und Modellierungsansätzen.
• Durchführung und Unterstützung der Analyse, Integration und Visualisierung von Multi-Omics-Daten (z.B. Genomik, Metagenomik, Metatranskriptomik, Proteomik, Metabolomik und Bilddaten).
• Zusammenarbeit mit experimentellen und computergestützten Forschern bei der Studiengestaltung, Dateninterpretation und der Entwicklung reproduzierbarer computergestützter Workflows.
• Unterstützung des Forschungsdatenmanagements, einschließlich Datenorganisation, -speicherung, -dokumentation und Einreichung an relevante Repositorien.
• Beitrag zur Wartung und Weiterentwicklung der gemeinsamen Computer- und IT-Infrastruktur in Zusammenarbeit mit dem IT-Personal und dem leitenden Bioinformatiker.
• Unterstützung der Schulung der Mitglieder des Instituts für Mikrobiologie in Bioinformatik und computergestützter Biologie durch individuelle Beratungen und die Organisation von Schulungsveranstaltungen (z.B. Workshops); erfahrenere Kandidaten können eine führende Rolle in diesen Aktivitäten übernehmen.
• Beitrag zur Entwicklung und Wartung von bioinformatischen Werkzeugen, Pipelines und Methoden zur biologischen Datenanalyse; erfahrene Kandidaten werden ermutigt, Projekte zur Methodenentwicklung zu initiieren und zu leiten.

Die Position ist projektbasiert und zunächst für ein Jahr angeboten, mit der Möglichkeit einer jährlichen Verlängerung, abhängig von der Projektdauer und der Finanzierung.

Profil

Wir begrüßen Bewerbungen von aktuellen MSc-Absolventen sowie von Kandidaten mit einem PhD und/oder mehreren Jahren relevanter Berufserfahrung in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik oder einem verwandten Bereich. Der erfolgreiche Kandidat sollte Folgendes mitbringen:

• Solide Kenntnisse in Bioinformatik und/oder computergestützter Biologie, mit Erfahrung in der Analyse biologischer Daten.
• Starke organisatorische Fähigkeiten und die Fähigkeit, mehrere Aufgaben und Prioritäten zu managen, sowie die Fähigkeit, sowohl unabhängig als auch kollaborativ in einem interdisziplinären Forschungsumfeld zu arbeiten.
• Programmierkenntnisse in einer oder mehreren relevanten Sprachen (z.B. Python, R, Bash).
• Erfahrung mit der Analyse von Omics-Daten (z.B. Genomik, Metagenomik, Metatranskriptomik); Erfahrung mit zusätzlichen Datentypen ist von Vorteil.
• Vertrautheit mit Linux-basierten Computerumgebungen; Erfahrung mit Hochleistungsrechnern (HPC) ist von Vorteil.
• Kenntnisse über reproduzierbare Forschungspraktiken, einschließlich Workflow-Management und Versionskontrolle (z.B. Git).

Je nach Erfahrungsgrad kann der Kandidat zusätzlich Folgendes nachweisen:

• Erfahrung im Datenmanagement und der Einreichung an öffentliche Repositorien.
• Erfahrung in der Wartung von bioinformatischen Pipelines, Softwareumgebungen oder Computerinfrastruktur.
• Erfahrung in der Schulung oder Betreuung von Studierenden und Forschern in Bioinformatik oder computergestützter Biologie.
• Initiative zur Entwicklung von bioinformatischen Werkzeugen, Methoden oder Workflows.

Wir bieten

• Ein anregendes Forschungsumfeld am Institut für Mikrobiologie an der ETH Zürich, einer der weltweit führenden Universitäten in Wissenschaft und Technologie.
• Integration in ein international sichtbares, interdisziplinäres Forschungsnetzwerk, einschließlich enger Interaktion mit Projekten innerhalb des NCCR Mikrobiome.
• Ein kollaboratives und inklusives Arbeitsumfeld mit Forschern aus unterschiedlichen wissenschaftlichen und kulturellen Hintergründen.
• Zugang zu modernster Computerinfrastruktur und bioinformatischen Ressourcen.
• Chancen zur beruflichen Entwicklung, Schulung und Karriereförderung, mit Verantwortlichkeiten, die an Erfahrung und Karrierestufe angepasst sind.
• Unterstützung für die Teilnahme an wissenschaftlichen Tagungen, Workshops und Schulungsaktivitäten.
• Wettbewerbsfähiges Gehalt und Leistungen gemäß den Vorschriften der ETH Zürich.
• Flexibles Arbeitszeitmodell, das Ihre persönlichen Bedürfnisse berücksichtigt.
• Wir fördern eine Kultur der Zusammenarbeit, Vielfalt und Inklusivität in einem Umfeld, in dem sich jeder geschätzt, respektiert und unterstützt fühlt.