Software engineer (viral and bacterial sequence database)

Die Computational Evolution Group, geleitet von Prof. Dr. Tanja Stadler, im Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE) an der ETH Zürich arbeitet an der Schnittstelle von Mathematik, Informatik und Evolutionsbiologie. Wir entwickeln Methoden, um evolutionäre, ökologische, epidemiologische und entwicklungsbiologische Prozesse auf verschiedenen Ebenen basierend auf genetischen Daten zu verstehen. In unseren Projekten übertragen wir modernste Wissenschaft in produktionsbereite Software. Insbesondere entwickeln wir genomische Datenbanken, Webanwendungen und APIs, um die Echtzeitüberwachung von Pathogenvarianten zu erleichtern und epidemiologische Fragen zu beantworten. Dabei arbeiten wir eng mit Gesundheitsbehörden und Wissenschaftlern weltweit zusammen.

Wir suchen einen motivierten Junior Software Engineer, der unser interdisziplinäres Team verstärkt. Die Position ist befristet auf ein Jahr und beginnt im Juni 2026.

Projekt Hintergrund

Die Projekte sind im Kontext der SARS-CoV-2-Pandemie verankert. Als Reaktion auf die schnell wachsende Anzahl verfügbarer Genomsequenzen und den dringenden Bedarf, aufkommende Varianten von Interesse zu verfolgen, haben wir Software entwickelt, um die Erkennung und Verfolgung neuer Varianten zu erleichtern und das Management sowie den Austausch von Sequenzierungsdaten von Pathogenen zu unterstützen. Unsere Projekte konzentrierten sich zunächst auf Virusdaten. Dieses Datenbanksystem ist in TypeScript, React, Kotlin und Python geschrieben, und ein Teil der Position besteht darin, dieses System zu erweitern. Ein anderer Teil dieser Position besteht darin, ein neuartiges Datenbanksystem für bakterielle Pangenomdaten basierend auf einem Prototyp zu entwickeln, der in einem Forschungsprojekt entwickelt wurde. Das Backend des Prototyps ist in Python (mit einigen C++-Bindings) geschrieben, und das Frontend ist in TypeScript und React geschrieben.

Wir arbeiten eng mit anderen Forschungsgruppen in Basel und anderen Ländern sowie mit Gesundheitsbehörden, einschließlich des Bundesamts für Gesundheit (BAG) der Schweiz und den Centers for Disease Control and Prevention (CDC) der Vereinigten Staaten, zusammen. Wir legen Wert auf gute Praktiken in der Softwareentwicklung. Wir führen Code-Reviews durch, haben automatisierte Testpipelines und bemühen uns, modernen, sauberen und wartbaren Code zu schreiben. Wir arbeiten auch agil und sind immer offen für Vorschläge zur Verbesserung der Teamarbeit.

Stellenbeschreibung

Sie werden zusammen mit anderen Software-Ingenieuren und Wissenschaftlern aus unserer Gruppe und von Partnern arbeiten. Sie werden ein bestehendes Datenbanksystem für virale Sequenzierungsdaten erweitern. Basierend auf einem bestehenden Forschungsprototyp werden Sie ein neues skalierbares Datenbanksystem für bakterielle Pangenomdaten entwerfen, implementieren und testen. Sie werden mit anderen Benutzern und Wissenschaftlern interagieren, um Bedürfnisse und Anforderungen zu identifizieren und zu verfeinern.

Profil

Wir suchen einen motivierten Kollegen mit Interesse daran, zur öffentlichen Gesundheit und zur genomischen Epidemiologie beizutragen. Die Position erfordert:

• Erfahrung in der bakteriellen Bioinformatik, insbesondere mit Pangenomdaten (relevante Publikationen sind von Vorteil).
• Starke Fähigkeiten in Python. Erfahrung mit Tools wie mypy, black und ruff ist von Vorteil.
• Erfahrung in der Webentwicklung, idealerweise mit TypeScript und React.
• Erfahrung in der Entwicklung von Datenbank-Engines und Kenntnisse über zentrale Datenbankeigenschaften und deren Implementierung.
• C++-Erfahrung ist sehr vorteilhaft.
• Erfahrung in Phylogenetik und (Bayesian) Phylodynamik.
• Ein Master-Abschluss in Informatik, Bioinformatik oder einem verwandten Bereich.
• Interesse an der Arbeit in einem interdisziplinären und internationalen Team.

Wir schätzen eine offene und inklusive Gruppenkultur und erwarten von Ihnen, dass Sie uns helfen, eine positive Teamdynamik und ein einladendes Arbeitsumfeld aufrechtzuerhalten. Die Arbeitssprache in unserer Gruppe ist Englisch, und es sind keine Deutschkenntnisse erforderlich.

Wir stehen Kandidaten aller Erfahrungsstufen offen gegenüber. Im Einklang mit unserem Engagement für eine offene und inklusive Gruppenkultur begrüßen wir Bewerbungen von Personen aller demografischen Gruppen und persönlichen Hintergründe.

Wir bieten

Wir bieten ein dynamisches und unterstützendes Arbeitsumfeld mit flexiblen Arbeitszeiten. Wir bieten ein sehr spannendes Projekt mit direkten Beiträgen zur öffentlichen Gesundheit. Wir legen Wert auf persönliches Wachstum und Karriereentwicklungsmöglichkeiten und unterstützen Sie mit Mitteln zur Teilnahme an Kursen, Workshops und anderen relevanten Veranstaltungen. Die Schweiz bietet eine hohe Lebensqualität – einschließlich schöner Naturlandschaften und fantastischer Infrastruktur. Wir freuen uns darauf, Ihnen zu zeigen, warum Basel, eine sehr internationale kleine Stadt, die zehnthöchste Lebensqualität der Welt laut Mercer hat, ein großartiger Ort zum Leben und Arbeiten ist!

Wir schätzen Vielfalt und Nachhaltigkeit

Im Einklang mit unseren Werten fördert die ETH Zürich eine inklusive Kultur. Wir setzen uns für Chancengleichheit ein, schätzen Vielfalt und pflegen ein Arbeits- und Lernumfeld, in dem die Rechte und die Würde aller Mitarbeiter und Studierenden respektiert werden. Besuchen Sie unsere Website zu Chancengleichheit und Vielfalt, um zu erfahren, wie wir ein faires und offenes Umfeld gewährleisten, das es jedem ermöglicht, zu wachsen und zu gedeihen. Nachhaltigkeit ist ein Kernwert für uns – wir arbeiten konsequent auf eine klimaneutrale Zukunft hin.

Über die ETH Zürich

Die ETH Zürich ist eine der weltweit führenden Universitäten, die sich auf Wissenschaft und Technologie spezialisiert hat. Wir sind bekannt für unsere hervorragende Ausbildung, bahnbrechende Grundlagenforschung und den direkten Transfer neuen Wissens in die Gesellschaft. Über 30.000 Menschen aus mehr als 120 Ländern finden unsere Universität als einen Ort, der unabhängiges Denken fördert und ein Umfeld schafft, das Exzellenz inspiriert. Im Herzen Europas gelegen, aber mit Verbindungen in die ganze Welt, arbeiten wir gemeinsam daran, Lösungen für die globalen Herausforderungen von heute und morgen zu entwickeln.