Scientist in Computational Biology

Das Deutsche Krebsforschungszentrum (DKFZ) ist eines der größten Krebsforschungszentren Europas. „Forschung für ein Leben ohne Krebs“ ist die Mission unserer Wissenschaftler und aller Teammitglieder. Das DKFZ ist ein Ort, an dem die klügsten Köpfe mutige Ideen verfolgen und Antworten auf wegweisende wissenschaftliche Fragen durch Zusammenarbeit, Innovation und Erkundung in vielen Disziplinen suchen. Wir bieten ein dynamisches Umfeld, das Exzellenz mit modernster Technologie, fortschrittlicher Infrastruktur und einem globalen wissenschaftlichen Netzwerk fördert.

Die Precision Sarcoma Research Group am Deutschen Krebsforschungszentrum und dem Nationalen Centrum für Tumorerkrankungen Heidelberg (Leitung: Dr. Priya Chudasama) sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt einen Wissenschaftler in der Computational Biology. Wir suchen einen Computational Biologen, der sich den Bemühungen des Konsortiums „DECIPHER-M: Deciphering Metastasis with Multimodal Artificial Intelligence Foundation Models“ anschließt. Dieses 5-jährige Konsortium wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) im Rahmen der Nationalen Dekade gegen Krebs gefördert.

Das DECIPHER-M-Konsortium ist eine multi-institutionelle Initiative zur Transformation des Verständnisses und der klinischen Behandlung von Metastasen durch die Erstellung von Foundation-Modellen unter Verwendung routinemäßig gesammelter klinischer Daten, einschließlich Pathologie-Bildern, Radiologie-Bildern, elektronischen Gesundheitsakten und Multi-Omics-Daten. Diese Position bietet eine spannende Gelegenheit, an der Schnittstelle von Krebsbiologie, räumlicher Multi-Omics und künstlicher Intelligenz zu arbeiten.

Der erfolgreiche Kandidat wird Teil eines hochinterdisziplinären Teams von Molekularbiologen, Pathologen, Onkologen, Radiologen und Datenwissenschaftlern sein und eine zentrale Rolle bei der Entwicklung von Multi-Modal-Datenanalyse- und Integrations-Workflows sowie der nachgelagerten Analyse von metastasenassoziierten multimodalen Signaturen spielen, die aus den Foundation-Modellen abgeleitet sind, um neue biologische Erkenntnisse zu gewinnen.

• Entwicklung und Implementierung von computergestützten Pipelines zur Analyse und Integration von räumlichen Multi-Omics- und anderen multimodalen Datensätzen
• Entwurf und Feinabstimmung von Machine-Learning- und Deep-Learning-Modellen zur Extraktion bedeutungsvoller Muster und Vorhersage des metastatischen Verhaltens
• Enge Zusammenarbeit mit Experimentalisten zur mechanistischen Analyse multimodaler Signaturen zur Identifizierung diagnostischer oder prognostischer Biomarker oder therapeutischer Ziele
• Leitung der kollaborativen Initiative und Kommunikation der Ergebnisse in gemeinsamen Sitzungen, Publikationen und auf internationalen Konferenzen
• Unterstützung bei der Betreuung von Teammitgliedern, die rechnergestützte Aufgaben übernehmen

• Masterabschluss oder gleichwertig in Bioinformatik, Computational Biology, Krebsbiologie oder ähnlichem
• Starker Hintergrund in der Analyse und Integration großangelegter Bulk-Multi-Omics-Datensätze; Erfahrung in Einzelzell- und räumlichen Omics-Ansätzen wird als Vorteil angesehen
• Beherrschung von Programmiersprachen wie R und Python, Bash-Skripting und Deep-Learning-Frameworks
• Fähigkeit, Daten von Sequenzierungsanlagen oder öffentlichen Ressourcen zu beschaffen und zu verarbeiten, mit HPCs zu arbeiten, bestehende Pipelines (in-house oder nf-core) auszuführen und anzupassen sowie neue zu entwickeln
• Beherrschung des Aufbaus und der Feinabstimmung von Machine-Learning- und Deep-Learning-Modellen für die Analyse biologischer Daten
• Starke Publikationsbilanz, einschließlich Hauptautorschaften, mit Erfahrung in der kollaborativen Forschung und der Betreuung von Studierenden oder Praktikanten
• Umfassendes Wissen über Krebsbiologie und Krebsgenomik, das durch rigorose Literaturrecherche aufrechterhalten wird und auf die Dateninterpretation und Projektentwicklung angewendet wird
• Nachgewiesene Fähigkeit, sowohl unabhängig als auch im Team zu arbeiten, mit hoher Eigeninitiative, starkem Arbeitsethos und teamorientierter Denkweise

Die Bewerbungen müssen einen Lebenslauf, ein Anschreiben, eine vollständige Liste der Publikationen, Referenzen oder Empfehlungsschreiben sowie das erwartete Verfügbarkeitsdatum enthalten. Unvollständige Bewerbungen werden nicht berücksichtigt. Bitte bewerben Sie sich ausschließlich über das Bewerbungsportal. Bei Fragen senden Sie bitte eine E-Mail an priya.chudasama@nct-heidelberg.de. Die Stelle ist zunächst auf 1 Jahr befristet, mit der Möglichkeit der Verlängerung. Bewerbungsfrist: 20.12.2025. Bewerbungen per E-Mail können nicht akzeptiert werden. Bitte beachten Sie auch, dass wir Bewerbungen, die per Post eingereicht werden, nicht zurücksenden können.

SIND SIE INTERESSIERT? Dann werden Sie Teil des DKFZ und tragen Sie dazu bei, ein Leben ohne Krebs zu ermöglichen! Wir sind überzeugt, dass ein innovatives Forschungs- und Arbeitsumfeld von der Vielfalt seiner Mitarbeiter profitiert. Daher begrüßen wir Bewerbungen von talentierten Menschen, unabhängig von Geschlecht, kulturellem Hintergrund, Nationalität, Ethnie, sexueller Identität, körperlicher Fähigkeit, Religion und Alter. Menschen mit schweren Behinderungen werden bevorzugt, wenn sie die gleiche Eignung aufweisen.

Hinweis: Wir unterliegen den Vorschriften des Infektionsschutzgesetzes (IfSG). Daher müssen alle unsere Mitarbeiter einen Immunitätsnachweis gegen Masern erbringen.