Postdoctoral Researcher - Machine Learning for Plant Regulatory Genomics

Pflanzen passen sich durch genetische Variation an ihre Umgebung an, aber die Verbindung dieser Variation zu ihrer ökologischen Rolle über Arten hinweg bleibt eine der zentralen Herausforderungen in der Pflanzenbiologie. Wenn Sie leidenschaftlich daran interessiert sind, Deep Learning anzuwenden, um die regulatorische Grammatik von Pflanzengenomen zu entschlüsseln und Vorhersagen in testbare biologische Hypothesen zu übersetzen, laden wir Sie ein, der Omics Data Analysis and Integration-Gruppe unter der Leitung von Dr. Jędrzej Szymański beizutreten. Unsere Gruppe spezialisiert sich auf maschinelles Lernen, Multi-Omics-Datenintegration und die Entwicklung prädiktiver Modelle für die Genregulation von Pflanzen. Wir sind Teil des Instituts für Bio- und Geowissenschaften (IBG-4: Bioinformatik), geleitet von Prof. Dr. Björn Usadel, am Forschungszentrum Jülich. Die Position ist im Teilprojekt A12 des DFG-geförderten Sonderforschungsbereichs TRR 341 „Pflanzenökologische Genetik“ eingebettet, einem großen interdisziplinären Konsortium, das sich über die Universität zu Köln, das Forschungszentrum Jülich und Partnerinstitutionen erstreckt.

Ihr Job

• Sie leiten den maschinellen Lernenkern eines interdisziplinären Forschungsprojekts an der Schnittstelle von Genomik, Deep Learning und Pflanzenbiologie.
• Ihr Fokus liegt auf der Entwicklung und Anwendung prädiktiver Modelle, die genetische Variation mit Genregulation und Merkmalen verknüpfen, wobei Sie mit großen Multi-Omics-Datensätzen arbeiten, die im Konsortium generiert wurden.
• Insbesondere werden Sie:
• Großangelegte genomische, transkriptomische und phänotypische Datensätze in AI-bereite Ressourcen zusammenstellen, harmonisieren und kuratieren, in Zusammenarbeit mit unseren Datenmanagementpartnern.
• Tiefenlernmodelle zur Vorhersage der Genexpression und der Bindung von Transkriptionsfaktoren aus regulatorischen Sequenzen entwickeln, neu trainieren und optimieren.
• Diese Modelle anwenden, um genetische Variation zu interpretieren, Vorhersagen mit ergänzenden genetischen Analysen zu integrieren und priorisierte Kandidatengene an experimentelle Partner zu liefern.
• Den Modellierungsrahmen über mehrere Pflanzenarten hinweg mithilfe von Transferlernen erweitern.
• Ergebnisse bei Konsortialtreffen und internationalen Konferenzen präsentieren, in peer-reviewed Zeitschriften veröffentlichen und zur Wissenschaftskommunikation sowie zu unseren Open-Source-Tools beitragen.

Ihr Profil

• Master und/oder Promotion in Informatik, Bioinformatik, Computational Biology, Data Science oder einem eng verwandten Bereich.
• Starke Erfahrung in maschinellem Lernen und/oder Deep Learning, idealerweise mit Sequenzmodellen (z.B. CNNs, Transformer), die auf genomische Daten angewendet werden.
• Kenntnisse in Python und gängigen ML-Frameworks (z.B. PyTorch, TensorFlow); Erfahrung mit HPC-Clustern ist von Vorteil.
• Vertrautheit mit Genomik und regulatorischer Biologie (Genexpression, Bindung von Transkriptionsfaktoren, Varianteneffekte, GWAS/eQTL) ist wünschenswert; die Bereitschaft, sich in die Populations- und ökologische Genomik einzuarbeiten, ist unerlässlich.
• Strukturiertes, analytisches Denken und eine systematische, sorgfältige Arbeitsweise.
• Begeisterung für interdisziplinäre Zusammenarbeit mit experimentellen Biologen und Populationsgenetikern im Konsortium.
• Ausgezeichnete Englischkenntnisse (schriftlich und mündlich); Kenntnisse der deutschen Sprache sind von Vorteil.

Unsere Vorteile für Sie

• Wir arbeiten an hochaktuellen, gesellschaftlich relevanten Themen und bieten Ihnen die Möglichkeit, aktiv Veränderungen zu gestalten!
• Sie können eine Vielzahl von Möglichkeiten erwarten:
• Bedeutsame Aufgaben: Eine abwechslungsreiche und zentrale Rolle in einem internationalen, interdisziplinären Umfeld.
• Work-Life-Balance: Optimale Bedingungen für die Vereinbarkeit von Beruf und Privatleben sowie eine familienfreundliche Unternehmenspolitik. Die Option auf flexibles Arbeiten (in Bezug auf den Standort) ist nach Rücksprache und in Abstimmung mit anstehenden Aufgaben und (vor Ort) Terminen grundsätzlich möglich.
• Urlaub: Sie erhalten 30 Tage Urlaub plus zusätzliche freie Tage (z.B. zwischen Weihnachten und Neujahr).
• Flexibilität: Flexible Arbeitszeitmodelle, einschließlich Optionen nahe Vollzeit, ermöglichen es Ihnen, Ihre Arbeitszeiten an Ihre individuellen Bedürfnisse anzupassen.
• Wissen & Weiterbildung: Zielgerichtete, individuelle Unterstützung für Ihre berufliche Entwicklung.
• Gesundheit & Wohlbefinden: Ihre Gesundheit ist uns wichtig. Sie können sich auf ein umfassendes betriebliches Gesundheitsmanagement-Programm mit einer Vielzahl von Angeboten freuen - z.B. ein Beachvolleyballfeld, Laufgruppen, Yogakurse und vieles mehr. Darüber hinaus stehen Ihnen unser betrieblicher Gesundheitsdienst und ein erfahrenes Sozialberatungsteam vor Ort zur Verfügung.
• Campus-Erlebnis: Unser Forschungscampus auf dem Land schafft ideale Bedingungen für kollegialen Austausch und sportliche Aktivitäten direkt vor Ort. Unsere Cafeteria bietet eine breite Palette von Optionen - Sie können eine entspannende Mittagspause mit Seeblick genießen.
• Erfolgreicher Start: Es ist uns wichtig, dass Sie sich schnell im Team einleben und eine strukturierte Einarbeitung für Ihre Aufgaben erhalten. Wir unterstützen Sie von Anfang an und erleichtern Ihnen den Einstieg mit unseren Welcome Days und dem Welcome Guide.
• Faire Vergütung: Je nach Ihren bestehenden Qualifikationen und den Ihnen übertragenen Aufgaben werden Sie in die Entgeltgruppe 13 des TVöD-Bund (Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst) eingestuft. Alle Informationen zum Tarifvertrag TVöD-Bund finden Sie auf der BMI-Website. Die monatlichen Gehälter in Euro finden Sie auf Seite 69 ff. des PDF-Downloads.
• Zusätzliche Leistungen: Profitieren Sie von attraktiven Zusatzleistungen wie einer betrieblichen Altersvorsorge mit Arbeitgeberbeitrag. Neben dem Grundgehalt gibt es einen zusätzlichen Jahresendbonus gemäß dem Tarifvertrag in Höhe von 75%.
• Befristet: Die Stelle ist auf 3 Jahre befristet.
• Unterstützung für internationale Mitarbeiter: Unser International Advisory Service erleichtert internationalen Mitarbeitern den Einstieg.
• Karrierezentrum: Sie erhalten gezielte Unterstützung hinsichtlich Ihrer Karriereentwicklungsmöglichkeiten.

Wir begrüßen Bewerbungen von Menschen mit unterschiedlichen Hintergründen, z.B. in Bezug auf Alter, Geschlecht, Behinderung, sexuelle Orientierung / Identität sowie soziale, ethnische und religiöse Herkunft. Ein vielfältiges und inklusives Arbeitsumfeld mit Chancengleichheit, in dem jeder sein Potenzial entfalten kann, ist uns wichtig.

Arbeitsort: Jülich

Startdatum: Zum nächstmöglichen Zeitpunkt

Arbeitszeit: 39 Stunden/Woche

Gehalt: Entgeltgruppe 13 TVöD-Bund

Bewerbungsfrist: 09.08.2026