PhD Position in Microbiome Systems Biology

Die Friedrich-Schiller-Universität Jena ist eine dynamische und innovationsgetriebene Universität im Herzen Deutschlands. Mit einem breiten Fächerangebot gestaltet sie die Zukunft durch exzellente Forschung und Lehre. Ihre wissenschaftliche Exzellenz spiegelt sich in den Profilbereichen Licht – Leben – Freiheit wider, die bahnbrechende Erkenntnisse und nachhaltige Lösungen für die Gesellschaft von morgen bieten. Durch enge Kooperationen mit führenden Forschungseinrichtungen, innovativen Unternehmen und renommierten Kulturorganisationen fördert sie interdisziplinäre Entwicklungen.

Die Forschungsgruppe Microbiome Dynamics am Institut für Mikrobiologie sucht einen hervorragenden und begeisterten Doktoranden für risikobehaftete Forschung in den Bereichen Metagenomik und Big Data-Integration. MBD ist aktiver Teilnehmer an mehreren nationalen und internationalen Kooperationsprojekten zum Zusammenspiel zwischen Wirt, symbiotischen Gemeinschaften und pathogenen Arten. Zusammen mit renommierten Wissenschaftlern und unterstützt durch eine hervorragende Infrastruktur haben Sie die Möglichkeit, einen wichtigen Beitrag zu einer gesünderen Gesellschaft zu leisten.

Ihre Aufgaben:

• Das Ph.D.-Projekt ist im Rahmen des neuen Kooperationsforschungsprojekts „SynThera“ angesiedelt, mit dem spezifischen Ziel, Shotgun-Metagenomikdaten mit genomskalierter Stoffwechselmodellierung zu integrieren, unter Verwendung von Methoden des maschinellen Lernens, um neuartige Strategien zur Erhöhung des Kolonisierungsvermögens von gentechnisch veränderten Probiotika-Stämmen im menschlichen Darm vorzuschlagen.
• Beitrag zu mehreren nationalen und internationalen Forschungsprojekten, die sich auf die Rolle des Mikrobioms bei global bedeutenden Krankheiten konzentrieren.
• Wissen durch Publikationen, Konferenzpräsentationen und Outreach-Aktivitäten teilen.
• Auf den Abschluss eines PhD in dem Forschungsbereich des Projekts hinarbeiten.

Ihr Profil:

• Ein starkes Interesse an der Durchführung kollaborativer Forschung zu dem oben skizzierten Thema ist von größter Bedeutung.
• Kandidaten sollten daran interessiert sein, an den Grenzen mehrerer Forschungsbereiche zu arbeiten.
• Master-Abschluss in Computational Biology, Bioinformatik, Systembiologie, Bioengineering, Chemieingenieurwesen oder einem verwandten Fachgebiet.
• Kenntnisse und Erfahrungen in der Analyse von Metagenomik und/oder biologischen Hochdurchsatzdaten.
• Kenntnisse statistischer Methoden im Kontext biologischer Systeme.
• Erfahrung mit Programmierung (Python, Perl, C++, R).
• Gut ausgeprägte kollaborative Fähigkeiten.

Wir bieten:

• Die erfolgreiche Kandidatin oder der erfolgreiche Kandidat wird in der Forschungsgruppe Microbiome Dynamics von Prof. Dr. Gianni Panagiotou in einem internationalen, dynamischen Team und einer „Offenen Tür“-Atmosphäre mit Zugang zu modernsten rechnergestützten Ressourcen untergebracht.
• Umfassende Unterstützung für Doktorandinnen und Doktoranden durch die Graduiertenakademie sowie unser lokales und internationales Netzwerk.
• Vergütung gemäß den Bestimmungen des Tarifvertrags für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L) nach Entgeltgruppe E-13 — abhängig von den persönlichen Qualifikationen der Kandidatin oder des Kandidaten — einschließlich einer besonderen jährlichen Zahlung gemäß dem Tarifvertrag.
• 30 Tage Urlaub pro Kalenderjahr plus zwei freie Tage am 24. und 31. Dezember.

Diese Teilzeitstelle (65%, 26 Stunden pro Woche) wird als befristete Stelle für 4 Jahre angeboten. Bewerber mit Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung und Qualifikation bevorzugt.

Wenn Sie bereit sind, für uns zu arbeiten, dann bewerben Sie sich über unser Online-Formular.