PhD Position in Machine Learning for Single-Cell Genomics (f/m/x)

Vollzeit, 39 Std./Woche

Neuherberg bei München

Teilweise Home Office möglich

Am Helmholtz München entwickeln wir bahnbrechende Lösungen für eine gesündere Gesellschaft in einer sich schnell verändernden Welt. Wir glauben, dass vielfältige Perspektiven Innovationen vorantreiben. Durch starke Partnerschaften beschleunigen wir den Transfer neuer Ideen aus dem Labor in die Praxis und verbessern das Leben.

Das Cortés López Labor am Helmholtz München, eingebettet im Computational Health Center und eng verbunden mit dem LMU Kinderkrankenhaus (Dr. von Hauner Kinderkrankenhaus), untersucht, wie RNA-Regulation und alternatives Spleißen die zelluläre Plastizität in Entwicklung und Krankheit prägen. Durch die Kombination von Long-Read- und Einzelzell-Transkriptomik mit multimodalen Datenintegrationen und KI-basiertem Modellieren zielen wir darauf ab, RNA-Programme zu entdecken, die die Gesundheit und Krankheit von Kindern antreiben.

Das Projekt ist im Deutschen Zentrum für Kinder- und Jugendgesundheit (DZKJ) eingebettet und bietet direkten Zugang zu klinisch annotierten pädiatrischen Proben und patientenabgeleiteten experimentellen Modellen. Diese einzigartige Integration von Genomik, Computation und klinischer Expertise gewährleistet sowohl mechanistische Tiefe als auch starke medizinische Relevanz.

Wir suchen einen hochmotivierten Doktoranden (f/m/x) in Maschinenlernen / Computational Biology, um an diesem interdisziplinären Forschungsprogramm teilzunehmen.

Ihre Aufgaben

• Untersuchung der RNA-Spleißregulation in Entwicklungs- und pädiatrischen Krankheitskontexten innerhalb eines kollaborativen, translationalen Forschungsumfelds.
• Enger Austausch zwischen experimentellen und computergestützten Disziplinen zur iterativen Verfeinerung des Studiendesigns und zur Übersetzung der Ergebnisse in biologisch sinnvolle Erkenntnisse.
• Entwicklung von Pipelines für die isoform-resolute Analyse von Short- und Long-Read Einzelzell-RNA-seq-Daten.
• Integration multimodaler Datensätze über Entwicklungsstadien, Gewebe und Krankheitszustände.
• Aufbau statistischer und maschinenlernender Modelle zur Ableitung von RNA-regulatorischen Netzwerken und Entwicklungs-Spleißprogrammen, Übersetzung der Ergebnisse in experimentell testbare Hypothesen.

Ihr Profil

• Masterabschluss in Computational Biology, Bioinformatik, Informatik, Physik oder einem verwandten quantitativen Fachgebiet.
• Starkes Interesse an RNA-Biologie, Entwicklung und Forschung zu pädiatrischen Krankheiten.
• Starke Programmierkenntnisse (Python/R und/oder Rust) und Erfahrung mit reproduzierbaren Workflows (Nextflow, Snakemake, WDL, Git, Container).
• Ausgezeichnete Kommunikationsfähigkeiten und die Fähigkeit, in einem multidisziplinären Team zusammenzuarbeiten.
• Wissenschaftliche Neugier, Initiative und Motivation, in einem translationalen Forschungsumfeld erfolgreich zu sein.

Wünschenswerte Qualifikation

• Vertrautheit mit HPC-Umgebungen und die Bereitschaft, Maschinenlernen-/Deep-Learning-Frameworks (z.B. PyTorch) anzuwenden; Erfahrung in der Einzelzellanalyse oder im Maschinenlernen ist von Vorteil.

Wenn Sie alle Anforderungen erfüllen, können Sie möglicherweise eine Gehaltsstufe von bis zu E 13 50% erhalten. Die sozialen Leistungen basieren auf dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst (TVöD). Die Stelle hat eine (anfängliche) Befristung von 3 Jahren, kann jedoch unter bestimmten Umständen verlängert werden.

„Wir glauben, dass Vielfalt der Schlüssel zu bahnbrechender Forschung und innovativen Lösungen ist. Unsere flexiblen Arbeitsmodelle und Remote-Optionen schaffen ein unterstützendes Umfeld für die Vereinbarkeit von Beruf und Familie. Für uns ist es wirklich bedeutungsvoll, zu einer gesünderen Gesellschaft an einem so inspirierenden Arbeitsplatz beizutragen.“

Vorteile

• Karriereentwicklung: Postdoc-Programm, wissenschaftliche Schulungen & Karrierezentrum mit maßgeschneiderten Angeboten
• Wissenschaftliche Ressourcen: Modernste Infrastruktur und Kernanlagen
• Erholung: 30 Tage Jahresurlaub, Flexi-Tage sowie Feiertage
• Internationaler Mitarbeiter-Service: Unterstützung beim Umzugs- und Integrationsprozess in Deutschland
• Gesundheitsförderung: Sport, Betriebsarzt, Initiativen zur psychischen Gesundheit

Interessiert an einer Bewerbung?

Wenn Sie Fragen haben, wenden Sie sich gerne an Mariela Cortés López, die Ihnen gerne weiterhilft. Unsere Rekrutierung ist dezentralisiert - Ihre Bewerbung wird direkt von der Fachabteilung geprüft, in der Sie zukünftig arbeiten könnten.

Bitte senden Sie Ihre Bewerbung nur über unser Online-Bewerbungstool und mit den folgenden Dokumenten:

• Kontaktdaten von mindestens zwei Referenzen
• Lebenslauf
• Ein kurzes Motivationsschreiben

Wenn Sie einen Hochschulabschluss im Ausland erworben haben, benötigen wir weitere Dokumente von Ihnen bezüglich der Vergleichbarkeit Ihres Abschlusses. Bitte beantragen Sie das Statement of Comparability for Foreign Higher Education Qualifications so früh wie möglich.

Wir setzen uns für die Förderung einer Kultur der Vielfalt ein und begrüßen Bewerbungen von talentierten Menschen unabhängig von Geschlecht, kulturellem Hintergrund, Nationalität, Ethnie, sexueller Identität, körperlichen Fähigkeiten, Religion oder Alter. Qualifizierte Bewerber mit körperlichen Behinderungen werden bevorzugt.

Erfahren Sie mehr über Vielfalt am Helmholtz München

Unser Engagement

Helmholtz München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) Institut für Computational Biology Ingolstädter Landstr. 185 764 Neuherberg