Auf einen Blick
- Aufgaben: Entwickle innovative Methoden zur Verbesserung der Orthologie-Rekonstruktion in Pflanzen.
- Unternehmen: SIB Swiss Institute of Bioinformatics und Universität Lausanne bieten eine interdisziplinäre Forschungsumgebung.
- Vorteile: Zugang zu großen genomischen Datensätzen und internationale Kollaborationsmöglichkeiten.
- Weitere Informationen: Flexible Projekte mit Raum für unabhängige methodische Entwicklungen.
- Warum dieser Job: Gestalte die Zukunft der vergleichenden Genomik und nutze KI für biologische Datenintegration.
- Qualifikationen: PhD in Bioinformatik oder verwandten Bereichen und starke Programmierkenntnisse, vorzugsweise in Python.
Das prognostizierte Gehalt liegt zwischen 45000 - 65000 € pro Jahr.
Ein Research Scientist-Position ist in der Comparative Genomics-Gruppe von Dr. Natasha Glover und Prof. Christophe Dessimoz am SIB Swiss Institute of Bioinformatics / Universität Lausanne verfügbar. Pflanzengenome stellen große Herausforderungen für die Orthologe-Inferenz dar, einschließlich hoher Duplikationsraten, Expansion von Genfamilien, Genomumstellungen, Hybridisierung, Introgression und variabler Annotationsqualität. Der erfolgreiche Kandidat wird neue Ansätze entwickeln und benchmarken, um die HOG-Inferenz zu verbessern, indem zusätzliche Evidenzquellen integriert werden, insbesondere Proteinstruktur und Syntenie.
Verantwortlichkeiten
- Entwicklung von Methoden zur Verbesserung der Orthologe-Rekonstruktion und HOG-Inferenz in Pflanzen.
- Integration von Proteinstrukturinformationen in den OMA-Orthologe-Inferenz-Workflow, mit dem Ziel, die Erkennung tiefer Homologie zu verbessern und HOGs zu verfeinern.
- Durchführung großangelegter Orthologe-Inferenzen und Benchmarking auf Pflanzendatensätzen, einschließlich Genomkollektion, Qualitätskontrolle, Inferenz von Artenbäumen und FastOMA-basierter HOG-Rekonstruktion.
- Erstellung oder Zusammenstellung von Benchmark-Datensätzen kuratierter Pflanzen-Gene-Familien, einschließlich Fällen mit Duplikationen und breiter taxonomischer Stichprobe.
- Bewertung methodischer Verbesserungen unter Verwendung sowohl kuratierter Gene-Familien-Benchmarks als auch großangelegter referenzfreier Metriken, wie HOG-Vollständigkeit, Größe des ancestral gene repertoire, Duplikationsmuster und Konsistenz über taxonomische Ebenen.
- Untersuchung, wie maschinelles Lernen verwendet werden könnte, um Sequenz-, Struktur-, Syntenie- und phylogenetische Informationen für verbesserte Homologie- und Orthologe-Inferenz zu kombinieren.
- Entwicklung wiederverwendbarer, Open-Source-Software und Workflows, die über die GitHub-Repositories der Gruppe verfügbar gemacht werden.
- Vorbereitung von Ergebnissen zur Veröffentlichung in peer-reviewed wissenschaftlichen Zeitschriften.
- Beitrag zum breiteren Comparative QTLomics-Konsortium, dessen übergeordnetes Ziel es ist, die Priorisierung von Kandidatengenen zu verbessern, indem AI-unterstützte QTL-Extraktion aus der Literatur, vergleichende evolutionäre Genomik und funktionale Datenintegration kombiniert werden.
Profil Anforderungen
- PhD in Computational Biology, Bioinformatik, evolutionärer Genomik, struktureller Bioinformatik, Informatik oder einem verwandten Bereich.
- Starke Programmierkenntnisse, vorzugsweise in Python, und Erfahrung in Linux- und HPC-Umgebungen.
- Erfahrung mit reproduzierbaren computergestützten Workflows und großangelegten biologischen Datensätzen.
- Starkes Interesse an der Methodentwicklung für vergleichende Genomik, evolutionäre Biologie oder biologische Datenintegration.
- Expertise in mindestens einem der folgenden Bereiche: vergleichende Genomik oder evolutionäre Genomik; Orthologe-Inferenz oder Rekonstruktion von Genfamilien; strukturelle Bioinformatik oder Proteinstruktur-Analyse; Syntenie-Analyse oder Genom-Evolution; Phylogenetik oder Phylogenomik; maschinelles Lernen oder KI, die auf biologische Daten angewendet wird.
- Vorherige Erfahrung mit Pflanzenbiologie ist wünschenswert, aber nicht erforderlich.
- Übertragbare rechnerische oder methodologische Expertise aus angrenzenden Bereichen wird ermutigt.
Was wir bieten
- Ein interdisziplinäres und kollaboratives Forschungsumfeld am SIB und UNIL.
- Die Möglichkeit, neue Methoden in der vergleichenden Genomik, Orthologe-Inferenz und AI-unterstützter biologischer Datenintegration zu entwickeln.
- Zugang zu großangelegten genomischen, phylogenomischen und Proteinstruktur-Datensätzen.
- Kollaborationsmöglichkeiten mit UniProt und internationalen Pflanzengenomik-Gruppen.
- Möglichkeit für internationale Kooperationen und Forschungsaustausche.
- Ein flexibles Projekt mit Raum für unabhängige methodologische Entwicklung.
Research Scientist CDD 100% Arbeitgeber: Hotel du Parc
Das SIB Swiss Institute of Bioinformatics bietet eine herausragende Arbeitsumgebung für Forschung und Innovation in Lausanne. Als Teil eines interdisziplinären Teams haben Sie die Möglichkeit, an der Entwicklung neuer Methoden in der vergleichenden Genomik zu arbeiten und auf umfangreiche genomische Datensätze zuzugreifen. Die flexible Projektgestaltung und die zahlreichen Möglichkeiten zur internationalen Zusammenarbeit fördern nicht nur Ihre berufliche Entwicklung, sondern auch Ihre persönliche Entfaltung in einem dynamischen und unterstützenden Umfeld.
StudySmarter Expertenrat🤫
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✨Tipp Nummer 1
Netzwerken ist der Schlüssel! Nutze Plattformen wie LinkedIn, um mit Fachleuten aus der Bioinformatik und Genomforschung in Kontakt zu treten. Lass uns wissen, wenn du Fragen hast oder Unterstützung brauchst!
✨Tipp Nummer 2
Bereite dich auf Vorstellungsgespräche vor, indem du deine Kenntnisse über aktuelle Trends in der vergleichenden Genomik auffrischst. Zeige dein Interesse an den Projekten des SIB und der Universität Lausanne – das kommt immer gut an!
✨Tipp Nummer 3
Praktische Erfahrungen sind Gold wert! Wenn du die Möglichkeit hast, an Workshops oder Konferenzen teilzunehmen, nutze sie, um deine Fähigkeiten zu erweitern und neue Kontakte zu knüpfen. Wir unterstützen dich gerne dabei!
✨Tipp Nummer 4
Bewirb dich direkt über unsere Website! So kannst du sicherstellen, dass deine Bewerbung die richtige Anlaufstelle erreicht. Und vergiss nicht, deine Leidenschaft für die Forschung zu zeigen – das macht einen großen Unterschied!
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Einige Tipps für deine Bewerbung 🫡
Mach deine Bewerbung persönlich!:Zeig uns, wer du bist! Verwende eine freundliche und authentische Sprache, um deine Motivation und Leidenschaft für die Forschung zu vermitteln. Lass uns wissen, warum du genau zu uns und dieser Position passt.
Betone deine Fähigkeiten!:Stell sicher, dass du deine Programmierkenntnisse und Erfahrungen in der Bioinformatik klar hervorhebst. Wir suchen nach jemandem, der sich mit Python und großen Datensätzen auskennt – also zeig uns, was du drauf hast!
Sei konkret bei deinen Projekten!:Erzähle uns von konkreten Projekten, an denen du gearbeitet hast. Welche Methoden hast du entwickelt? Welche Herausforderungen hast du gemeistert? Das gibt uns einen besseren Einblick in deine praktische Erfahrung.
Bewirb dich über unsere Website!:Wir empfehlen dir, deine Bewerbung direkt über unsere Website einzureichen. So stellst du sicher, dass wir alles schnell und unkompliziert erhalten und du keine wichtigen Schritte verpasst.
Wie man sich auf ein Vorstellungsgespräch bei Hotel du Parc vorbereitet
✨Verstehe die Anforderungen
Mach dich mit den spezifischen Anforderungen der Stelle vertraut. Lies die Stellenbeschreibung gründlich durch und überlege, wie deine Erfahrungen und Fähigkeiten zu den geforderten Kompetenzen passen. So kannst du gezielt auf Fragen eingehen und deine Eignung unter Beweis stellen.
✨Bereite konkrete Beispiele vor
Überlege dir konkrete Beispiele aus deiner bisherigen Forschung oder Projekten, die deine Fähigkeiten in Bereichen wie vergleichende Genomik oder maschinelles Lernen demonstrieren. Diese Beispiele helfen dir, deine Argumente während des Interviews zu untermauern und zeigen, dass du praktische Erfahrung hast.
✨Fragen vorbereiten
Bereite einige Fragen vor, die du dem Interviewer stellen möchtest. Das zeigt dein Interesse an der Position und der Forschungsgruppe. Du könntest zum Beispiel nach aktuellen Projekten oder Herausforderungen im Bereich der orthologischen Inferenz fragen.
✨Technische Fähigkeiten betonen
Da die Stelle starke Programmierkenntnisse erfordert, sei bereit, über deine Erfahrungen mit Python und Linux zu sprechen. Wenn möglich, bringe Beispiele für Projekte mit, bei denen du diese Fähigkeiten angewendet hast. Das wird dir helfen, dich von anderen Bewerbern abzuheben.
