Research Associate

Das Institut für Molekulare und Klinische Ophthalmologie Basel (IOB) sucht einen hochmotivierten Research Associate. IOB ist ein Forschungsinstitut, das Grundlagen- und klinische Forschung kombiniert. Seine Mission ist es, Innovationen im Verständnis von Sehen und seinen Erkrankungen voranzutreiben und neue Therapien gegen Sehverlust zu entwickeln.

Wir rekrutieren einen Research Associate im Bereich der computergestützten Ionenkanal- und Membranprotein-Design (Protein-Design, strukturelle und synthetische Biologie). In dieser Rolle werden Sie einen End-to-End-Design-Build-Test-Zyklus vorantreiben: computergestütztes Design von konstruierten Ionenkaneln (z.B. lichtempfindliche Membranproteine), Übersetzung von Designs in Expressionskonstrukte und Validierung der Funktion in Säugetiersystemen in Zusammenarbeit mit Kollegen, die quantitative Assays durchführen (mit Zugang zu Hochdurchsatz-Elektrophysiologie und fortschrittlicher Bildgebung).

Die Position kombiniert moderne strukturbasierte und generative Designansätze mit praktischer experimenteller Ausführung (Säugetierzellkultur, Transfektion/Transduktion, Optimierung der Expression und Charakterisierung von Proteinen/Funktionen).

Verantwortlichkeiten

• Eigenverantwortung für den computergestützten und strukturellen Designzyklus für Ionenkanel und lichtempfindliche Membranproteine (Konzept >> Designhypothesen >> In-silico-Screening >> Auswahl von Kandidaten für Tests), in enger Interaktion mit experimentellen und translationalen Partnern.
• Definition klarer Designziele und Erfolgskriterien sowie Übersetzung von Designs in praktische Konstrukt- und Assaypläne.
• Entwicklung und Anwendung von lernmodellunterstützten Protein-Design-Workflows (Strukturvorhersage, inverse Faltung/Sequenzdesign, Sequenzbewertung und generative Vorschlagsmethoden) und deren Integration mit experimentellem Feedback über iterative Designzyklen.
• Durchführung eines gezielten experimentellen Validierungsworkflows (eingeschränkte praktische Laborarbeit): einige routinemäßige Säugetierzellkultur, DNA-Klonierung/Konstruktbehandlung nach Bedarf, Transfektion/Transduktion und Kleinmaßstab-Expressionstests in HEK/CHO (oder gleichwertig).
• Koordination und Interpretation funktioneller Ausgaben, die im Team generiert werden (z.B. Elektrophysiologie, Bildgebung, biochemische Assays), unter Verwendung der Ergebnisse zur Iteration von Designs.
• Klare Kommunikation von Fortschritten und Ergebnissen in internen Updates, schriftlicher Dokumentation und Projektbesprechungen; Beitrag zu Konferenzpräsentationen und Manuskripten nach Bedarf.
• Führung genauer Aufzeichnungen und effektive tägliche Kommunikation mit Ihrem Vorgesetzten und den Mitarbeitern.

Anforderungen

• PhD (oder gleichwertige Erfahrung) in computergestützter Biologie, Proteinengineering, struktureller Biologie, Biophysik, Biochemie, molekularer/zellulärer Biologie oder einem eng verwandten Bereich.
• Mindestens 3 Jahre postgraduale (oder gleichwertige) Erfahrung mit mindestens zwei der folgenden Bereiche: computergestütztes/struktur-basiertes Protein-Design (insbesondere Membranproteine oder Ionenkanel), lernmodellunterstützte Protein-Design-Workflows (z.B. Strukturvorhersage, inverse Faltung/Sequenzdesign, proteinsprachmodellbasierte Sequenzbewertung und generative Sequenz-/Strukturvorschlagstools), generative oder bibliotheksbasierte Design- und Screening-Strategien (einschließlich gerichteter Evolution), molekulare Biologie für schnelle Design-Bau-Test-Zyklen (Klonierung, Konstruktdesign, Optimierung der Expression), metagenomisches Mining/Entdeckungs-Pipelines und Annotation, quantitative funktionale Screening (Mikroplatten-Assays und/oder Elektrophysiologie/Bildgebungs-Ausgaben).
• Starke Motivation zur Entwicklung und Verfeinerung von Methoden, hauptsächlich in silico, mit einem leichten, aber kompetenten experimentellen Bestandteil.
• Hochgradig organisiert und präzise; komfortabel im Umgang mit mehreren Designiterationen mit rigoroser Dokumentation und Versionskontrolle.
• Solide Programmier- und Datenanalysetalente (z.B. Python) und Erfahrung mit Software/Toolchains für strukturelle Biologie und Protein-Design (z.B. Rosetta; Strukturvorhersage-Workflows wie AlphaFold oder gleichwertig; inverse Faltung/Sequenzdesign und generative Design-Tools; MD/Analyse-Toolchains).
• Praktische Kompetenz in der Säugetierzellkultur und steriler Technik; Vertrautheit mit BSL1/BSL2-Umgebungen.
• Nachweis von Auswirkungen im Protein-Design (z.B. Erstautor-Arbeiten, Open-Source-Beiträge, veröffentlichte Methoden oder nachgewiesene Ergebnisse bei der Ingenieurfunktion).

Vorteile

• Wissenschaftliche Exzellenz & Einfluss – Treten Sie einem hochmotivierten Forschungsinstitut an der Spitze der Augenforschung bei, unterstützt von modernsten Einrichtungen in einer internationalen, hochmodernen Forschungsumgebung in Basel.
• Eine Umgebung, die auf Leistung ausgelegt ist – Wir schaffen Bedingungen, die es Ihnen ermöglichen, Ihre beste Arbeit zu leisten: ein Engagement für die Unterstützung langfristiger Exzellenz und familienfreundlicher Richtlinien.
• Praktische Unterstützung & Zugänglichkeit – Bequeme Lage in Basel mit hervorragendem öffentlichen Verkehr, subventionierten Mahlzeiten, Kinderbetreuung und Zugang zu Universitätsporteinrichtungen (Unisport).
• Eine Kultur des gegenseitigen Vertrauens – Wir suchen Kollegen, die Motivation, Innovation und Engagement mitbringen; im Gegenzug bieten wir die Ressourcen, Flexibilität und Umgebung, in der außergewöhnliche Arbeit gedeiht.