Research Associate

Das Institut für Molekulare und Klinische Ophthalmologie Basel (IOB) sucht einen hochmotivierten Research Associate. IOB ist ein Forschungsinstitut, das Grundlagen- und klinische Forschung kombiniert. Seine Mission ist es, Innovationen im Verständnis von Sehen und seinen Erkrankungen voranzutreiben und neue Therapien gegen Sehverlust zu entwickeln. Es ist ein Ort, an dem Ihre Expertise geschätzt, Ihre Fähigkeiten herausgefordert und Ihr Wissen erweitert wird.

Wir rekrutieren einen Research Associate in computational ion channel and membrane-protein design (Protein-Design, strukturelle und synthetische Biologie). In dieser Rolle werden Sie einen End-to-End-Design-Build-Test-Zyklus vorantreiben: computationally design engineered ion channels (z.B. lichtempfindliche Membranproteine), translate designs into expression constructs und validate function in mammalian systems in collaboration with colleagues performing quantitative assays (mit Zugang zu Hochdurchsatz-Elektrophysiologie und fortschrittlicher Bildgebung). Die Position kombiniert moderne strukturbasierte und generative Designansätze mit praktischer experimenteller Ausführung (mammalian cell culture, transfection/transduction, expression optimization und protein/function characterization).

Verantwortlichkeiten

• Eigenverantwortung für den computergestützten und strukturellen Designzyklus für Ionenkanäle und lichtempfindliche Membranproteine (Konzeptdesign-Hypothesen, in silico Screening, Auswahl von Kandidaten für Tests) in enger Interaktion mit experimentellen und translationalen Partnern.
• Definieren Sie klare Designziele und Erfolgskriterien und übersetzen Sie Designs in praktische Konstrukt- und Prüfpläne.
• Entwickeln und wenden Sie erlernte modellgestützte Protein-Design-Workflows an (Strukturvorhersage, inverse Faltung/Sequenzdesign, Sequenzbewertung und generative Vorschlagsmethoden) und integrieren Sie diese mit experimentellem Feedback über iterative Designzyklen.
• Führen Sie einen gezielten experimentellen Validierungsworkflow durch (eingeschränkte praktische Laborarbeit): einige routinemäßige Zellkultur, DNA-Klonierung/Konstruktbehandlung nach Bedarf, Transfektion/Transduktion und Kleinmaßstabs-Expressionstests in HEK/CHO (oder gleichwertig).
• Koordinieren und interpretieren Sie funktionale Ausgaben, die im Team generiert werden (z.B. Elektrophysiologie, Bildgebung, biochemische Assays), und nutzen Sie die Ergebnisse zur Iteration von Designs.
• Kommunizieren Sie Fortschritte und Ergebnisse klar in internen Updates, schriftlicher Dokumentation und Projektbesprechungen; tragen Sie zu Konferenzpräsentationen und Manuskripten bei, wenn dies angemessen ist.
• Führen Sie genaue Aufzeichnungen und effektive tägliche Kommunikation mit Ihrem Vorgesetzten und Kollegen.

Anforderungen

• PhD (oder gleichwertige Erfahrung) in computational biology, protein engineering, structural biology, biophysics, biochemistry, molekularer/zellulärer Biologie oder einem eng verwandten Bereich.
• Mindestens 3 Jahre postgraduale (oder gleichwertige) Erfahrung mit mindestens zwei der folgenden:
  • computational/structure-based protein design (insbesondere Membranproteine oder Ionenkanäle),
  • erlernte modellgestützte Protein-Design-Workflows (z.B. Strukturvorhersage, inverse Faltung/Sequenzdesign, protein language-model-basierte Sequenzbewertung und generative Sequenz-/Strukturvorschlagstools),
  • generative oder bibliotheksbasierte Design- und Screening-Strategien (einschließlich gerichteter Evolution),
  • molekulare Biologie für schnelle Design-Bau-Test-Zyklen (Klonierung, Konstruktdesign, Optimierung der Expression),
  • metagenomisches Mining/Entdeckungs-Pipelines und Annotation,
  • quantitative funktionale Screening (Mikroplatten-Assays und/oder Elektrophysiologie/Bildgebungs-Ausgaben).
• Starke Motivation zur Entwicklung und Verfeinerung von Methoden, hauptsächlich in silico, mit einem leichten, aber kompetenten experimentellen Bestandteil.
• Hochgradig organisiert und präzise; komfortabel im Umgang mit mehreren Designiterationen mit rigoroser Dokumentation und Versionskontrolle.
• Solide Programmier- und Datenanalysetools (z.B. Python) und Erfahrung mit Software/Toolchains für strukturelle Biologie und Protein-Design (z.B. Rosetta; Strukturvorhersage-Workflows wie AlphaFold oder gleichwertig; inverse Faltung/Sequenzdesign und generative Design-Tools; MD/Analyse-Toolchains).
• Praktische Kompetenz in der Zellkultur von Säugetieren und steriler Technik; Vertrautheit mit BSL1/BSL2-Umgebungen.
• Nachweis von Auswirkungen im Protein-Design (z.B. Erstautor-Arbeiten, Open-Source-Beiträge, veröffentlichte Methoden oder nachgewiesene Ergebnisse bei der Ingenieurfunktion).

Vorteile

• Wissenschaftliche Exzellenz – Einfluss – Treten Sie einem hochmotivierten Forschungsinstitut an der Spitze der Sehforschung bei, unterstützt von modernsten Einrichtungen in einer internationalen, hochmodernen Forschungsumgebung in Basel.
• Eine Umgebung, die auf Leistung ausgelegt ist – Wir schaffen Bedingungen, die es Ihnen ermöglichen, Ihre beste Arbeit zu leisten: ein Engagement für die Unterstützung langfristiger Exzellenz und familienfreundlicher Richtlinien.
• Praktische Unterstützung – Zugänglichkeit – Bequeme Lage in Basel mit hervorragenden öffentlichen Verkehrsanbindungen, subventionierten Mahlzeiten, Kinderbetreuung und Zugang zu Universitätsporteinrichtungen (Unisport).
• Eine Kultur des gegenseitigen Vertrauens – Wir suchen Kollegen, die Motivation, Innovation und Engagement mitbringen; im Gegenzug bieten wir die Ressourcen, Flexibilität und Umgebung, in der außergewöhnliche Arbeit gedeiht.