Post Doctoral Research Scientist - Bioinformatics (m/f/d) gesucht

Das Dr. Margarete Fischer-Bosch Institut für Klinische Pharmakologie in Stuttgart (Direktor Prof. Dr. M. Schwab) wird von der Robert Bosch Stiftung betrieben. Seit seiner Gründung im Jahr 1973 hat sich das Institut als Deutschlands größte und renommierteste wissenschaftliche Forschungseinheit im Bereich der klinischen Pharmakologie etabliert. Die Hauptforschungsaktivitäten konzentrieren sich auf den Einfluss genetischer und nicht-genetischer Faktoren auf die Variabilität der Arzneimittelwirksamkeit und deren Beitrag zur Krankheitsentwicklung.

Für ein Forschungsprojekt, das sich mit der Krebstherapie und der Tumorzellbiologie des Nierenzellkarzinoms beschäftigt, wird eine bioinformatische Analyse von Transkriptomdaten, insbesondere räumlicher Transkriptomik in Kombination mit Einzelzell-Datensätzen sowie räumlicher multiplex Immunfluoreszenz-Daten, durchgeführt. Es bietet die Möglichkeit, neuartige bioinformatische Lösungen zu entwickeln. Funktionale Studien mit 3D-Tumorzellmodellen ergänzen die Datensätze, um unser Verständnis der Tumorbiologie beim Nierenzellkarzinom zu vertiefen. Das Projekt wird eng mit klinischen Aspekten der Krebsforschung verknüpft sein.

Aufgaben:

• Bioinformatische Analyse von Multi-Omics-Daten mit Fokus auf Einzelzell- und räumliche Transkriptomik RNA-Sequenzierungsdaten zur Aufklärung des Tumormikroenvironment und dessen Einfluss auf das Krebswachstum und Metastasenbildung beim Nierenzellkarzinom.
• Integration von Multi-Omics-Datensätzen (z.B. Genomik, Metabolomik) primärer Tumoren und Metastasen durch innovative bioinformatische Analysen, die auf hochdimensionalen Daten anwendbar sind.
• Integrierte Analyse klinischer Phänotypen und -Omics-Daten unter Verwendung von Biostatistik und Bioinformatik.
• Anwendung eines breiten Spektrums etablierter Werkzeuge und Entwicklung neuer computergestützter Lösungen mit Fokus auf Einzelzell- und räumliche Transkriptomik RNA-Seq und Datenintegration.
• Enthusiasmus, wissenschaftliche Ergebnisse auf internationalen Konferenzen zu präsentieren und Artikel für hochwertige Publikationen zu schreiben, um den größtmöglichen Erfolg in Ihrer Karriere zu gewährleisten.

Qualifikationen:

• Doktorgrad (PhD) in Bioinformatik, angewandter Bioinformatik oder einem verwandten Fachgebiet.
• Erfahrung und fundierte Kenntnisse in der Analyse von räumlicher Transkriptomik und Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten sowie Multi-Omics-Datensätzen (z.B. Proteomik, Transkriptomik, Genomik), einschließlich Dateninterpretation.
• Starkes Interesse an Anwendungen in den Lebenswissenschaften mit Fokus auf Onkologie und personalisierte Medizin.
• Starke Programmierkenntnisse in R und Python.
• Solide Kenntnisse in der Krebsbiologie.
• Kenntnisse in Biostatistik wären von Vorteil.
• Ausgezeichnete Englischkenntnisse in Wort und Schrift sowie Erfahrung in der Erstellung wissenschaftlicher Manuskripte.

Zusätzliche Informationen:

• Die Möglichkeit, in einem interaktiven Team von Bioinformatikern, Klinikern und Biologen zu arbeiten.
• Modernste Ausrüstung und Technologien für eine Vielzahl von Anwendungen (Genomik, Transkriptomik, Metabolomik) und Expertenwissen innerhalb der verschiedenen Kernkompetenzen (z.B. Kernkompetenz „Biostatistik/Bioinformatik, Pharmakometrie und Digitale Wissenschaft“) am Institut.
• Die Möglichkeit, wissenschaftliche Ergebnisse auf internationalen Konferenzen zu kommunizieren und an Workshops teilzunehmen.
• Ein anfänglicher Vertrag über 3 Jahre und flexibler Beginn (frühester Beginn ab sofort).

Wir schätzen die Einzigartigkeit und Unterschiedlichkeit unserer Mitarbeitenden und fördern ein Arbeitsumfeld, das unabhängig von Alter, Geschlecht, sexueller Identität, Behinderung, Herkunft oder Religion gleiche Chancen ermöglicht.