Bioinformatics / Research Software Engineer with IT Infrastructure Responsibilities (m/f/x)

Ludwig-Maximilians-Universität München ist eine führende Forschungsuniversität in Europa. Seit ihrer Gründung im Jahr 1472 hat sie sich den höchsten internationalen Standards der Exzellenz in Forschung und Lehre verpflichtet.

Unsere Forschung liegt an der Schnittstelle von Datenwissenschaft, computergestützter Biologie und Neuroepigenetik. Wir entwickeln neuartige rechnergestützte Methoden zur Integration und Analyse von Multi-Omics-Daten, um die molekularen Mechanismen zu untersuchen, die der Funktion von Gehirnzellen, dem Altern des Gehirns und neurodegenerativen Erkrankungen zugrunde liegen.

Wir bieten eine zweijährige Postdoc-Position mit der Möglichkeit zur Verlängerung. Der wissenschaftliche Fokus der Position liegt auf der Entwicklung und Anwendung rechnergestützter Methoden zur Analyse und Integration von Next-Generation-Sequencing- und Einzelzell-Multi-Omics-Daten im Kontext der Neuroepigenetik.

Der erfolgreiche Kandidat wird zu allen Phasen des Forschungsprozesses beitragen, von der Projektgestaltung und Datenanalyse bis hin zur Workflow- und Softwareentwicklung, wissenschaftlichen Interpretation und Veröffentlichung. Die Position umfasst auch die tägliche Wartung und Benutzerunterstützung sowie die langfristige Planung unserer IT-Infrastruktur (Server, Speicher, Backup-Lösungen, Hochleistungsrechnen) für ein Forschungsinstitut, das große Mengen an Bild- und Sequenzierungsdaten generiert und analysiert.

Ihre Aufgaben und Verantwortlichkeiten:

• Entwicklung und Wartung von Bioinformatik-Workflows zur Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten
• Entwicklung rechnergestützter Methoden zur Integration und Modellierung von Multi-Omics-Daten
• Fortgeschrittene explorative Datenanalyse großer genomischer und epigenomischer Datensätze
• IT-Support für wissenschaftliche und nicht-wissenschaftliche Nutzer
• Planung und Optimierung der rechnergestützten Infrastruktur (z.B. Server, Speichersysteme, Backup-Systeme und Hochleistungsrechenressourcen)
• Gestaltung und Durchführung unabhängiger Forschungsprojekte an der Schnittstelle von Datenwissenschaft, computergestützter Biologie und Neuroepigenetik
• Beitrag zu wissenschaftlichen Publikationen und Präsentationen

Ihre Qualifikationen:

• Doktorat in Bioinformatik, computergestützter Biologie, Informatik, Mathematik oder einem verwandten Bereich
• Starke Kenntnisse in Linux-basierten Rechenumgebungen und Erfahrung mit Hochleistungsrechnersystemen
• Erfahrung mit Workflow-Management-Systemen (z.B. Nextflow, Snakemake)
• Vertrautheit mit NGS-Datenformaten (z.B. FASTQ, BAM, VCF) und Bioinformatik-Tools
• Nachgewiesene Erfahrung in der explorativen Datenanalyse und der Interpretation komplexer biologischer Datensätze
• Exzellente Programmierkenntnisse in Python und/oder R
• Erfahrung in der Systemadministration
• Hohe Selbstmotivation, Kommunikationsfähigkeiten und Kompetenz
• Gute schriftliche und mündliche Englischkenntnisse, gute Deutschkenntnisse sind wünschenswert

Wünschenswerte Qualifikationen:

• Erfahrung mit Einzelzell-Sequenzierungsdaten, einschließlich scRNA-seq und/oder scATAC-seq
• Erfahrung mit Bulk-Epigenomdaten, einschließlich WGBS, RRBS, ChIP-seq und/oder CUT&Tag

Wir bieten:

• Ein anregendes und kollaboratives Forschungsumfeld innerhalb einer neu gegründeten Forschungsgruppe
• Ein offenes Forschungsumfeld
• Die Möglichkeit, ein unabhängiges wissenschaftliches Profil an der Schnittstelle von computergestützter Biologie, Neuroepigenetik und Datenwissenschaft zu entwickeln
• Ein interdisziplinäres Forschungsumfeld am Biomedical Center, mit Gruppen von der LMU München, der Technischen Universität München und dem Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE)
• Gelegenheiten zur Zusammenarbeit mit Forschern im SyNergy Excellence Cluster für Systems Neurology
• Gelegenheiten zur Zusammenarbeit mit Neurowissenschaftlern und Klinikern an der LMU München, dem Universitätsklinikum Würzburg und dem Universitätsklinikum Leipzig
• Zugang zu modernster rechnergestützter Infrastruktur
• Flexible Arbeitszeiten
• Ein Gehalt gemäß dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst (TV-L)
• Gelegenheiten zur beruflichen Weiterentwicklung und Teilnahme an der Postdoc-Initiative am Biomedical Center, einschließlich Karriereentwicklungsprogrammen und einem Postdoc-Netzwerk
• Die Position wird mit der Möglichkeit einer Teilzeitanstellung (50%) angeboten, um individuellen Bedürfnissen gerecht zu werden
• Viele Möglichkeiten, unsere BMC-Initiativen mitzugestalten (z.B. BMC Green Lab, Öffentlichkeitsarbeit und BMC-Arbeitsgruppe Vielfalt und Inklusion)
• Gute Anbindungen an den öffentlichen Nahverkehr
• Vereinbarkeit von Familie und Wissenschaft (z.B. Elternraum und Kindergarten auf dem Campus, Schulferien- und Notfallbetreuung)
• Zahlreiche Vorteile für LMU-Mitarbeiter, z.B. vergünstigte Fitness- und Kulturangebote, Jobticket für den öffentlichen Nahverkehr, Jobbike sowie mehrere Mensen und ausgezeichnete Cafés auf dem Campus.

Wir begrüßen Bewerbungen aus allen Hintergründen. Die Förderung von Vielfalt ist ein wichtiges strategisches Ziel am BMC. Dies spiegelt sich im BMC-Verhaltenskodex wider, der aktiv Vielfalt und Chancengleichheit fördert.

Haben Sie Fragen zu Visabestimmungen oder zur Anerkennung von Abschlüssen? Suchen Sie nach Wohnraum, Kinderbetreuung oder versuchen Sie, die beste Krankenversicherung zu wählen? Die Website "Research in Bavaria" und das LMU Gateway bieten Hilfe in diesen praktischen Angelegenheiten.

Menschen mit Behinderungen, die ebenso qualifiziert sind wie andere Bewerber, erhalten Vorrang.

Kontakt: Anschreiben, in dem Ihre Forschungsinteressen und Motivation dargelegt sind (bitte verwenden Sie die Registrierungsmaske).