Postdoctoral Researcher in AI for Single-cell Epigenomics (m/f/d)

Das Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in der Helmholtz-Gemeinschaft hat sich zum Ziel gesetzt, die Medizin von morgen durch unsere Entdeckungen von heute zu transformieren. An Standorten in Berlin-Buch, Berlin-Mitte, Heidelberg und Mannheim nutzen unsere Forscher interdisziplinäre Zusammenarbeit, um die Komplexität von Krankheiten auf Systemebene zu entschlüsseln – von Molekülen und Zellen bis hin zu Organen und dem gesamten Organismus. Durch akademische, klinische und industrielle Partnerschaften sowie globale Netzwerke streben wir an, biologische Entdeckungen in Anwendungen zu übersetzen, die eine frühzeitige Erkennung von Abweichungen von der Gesundheit ermöglichen, Behandlungen zu personalisieren und letztendlich Krankheiten zu verhindern.

Wir suchen einen hochmotivierten Postdoktoranden, der dem Team für Computational and Developmental Biology am Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) in Berlin beitritt. Unser interdisziplinäres Team entwickelt innovative rechnergestützte Ansätze zur Rekonstruktion von Gewebeverläufen aus multimodalen Einzelzell- und räumlichen Omics-Daten und zur Aufdeckung der regulatorischen Mechanismen, die die zelluläre Differenzierung während der embryonalen Entwicklung von Wirbeltieren antreiben. In diesem Projekt werden Sie quantitative Modelle des maschinellen Lernens entwickeln, um zu untersuchen, wie verschiedene Schichten der epigenetischen Regulation Entscheidungen über das Zellschicksal beeinflussen.

In enger Zusammenarbeit mit experimentellen Gruppen werden Sie mit großangelegten Multiome-Datensätzen von Maus- und Zebrafischembryonen arbeiten, einschließlich Einzelzellmessungen der Chromatinzugänglichkeit, der Promotoraktivität, der Histonmodifikationen und der Chromatin-Topologie.

Aufgaben:

• Entwicklung von Sequenz-zu-Funktion Deep-Learning-Modellen (z.B. Borzoi-, Enformer- oder AlphaGenome-Stil), um die Chromatinzugänglichkeit, Histonmodifikationen, die höhere Chromatinorganisation und die Genexpression in Maus- und Zebrafischembryonen vorherzusagen.
• Entwurf und Durchführung großangelegter in silico Störungsexperimente, einschließlich Motif-Ablation, virtueller Transkriptionsfaktor-Knock-outs und Screening von regulatorischen Elementen, um mechanistische Hypothesen zu generieren.
• Analyse experimenteller Störungsdatensätze aus internen Projekten und Kooperationen, einschließlich Störungen von Histonmodifizierern und Entwicklungs-Signalwegen wie Nodal, BMP, FGF, WNT und Retinsäure.
• Vergleich der Embryogenese von Maus und Zebrafisch zur Identifizierung konservierter und artspezifischer regulatorischer Programme.
• Enge Zusammenarbeit mit experimentellen Forschern zur Gestaltung von Validierungsexperimenten und zur Verfeinerung prädiktiver Modelle.
• Aktive Mitwirkung an einem hochgradig interdisziplinären und kollaborativen Umfeld von rechnergestützten und experimentellen Biologen.

Anforderungen:

• Doktorat (oder MSc mit mehreren Jahren Berufserfahrung) in den Bereichen Computer- oder Naturwissenschaften mit starkem rechnergestütztem/quantitativem Fokus.
• Starke Programmierkenntnisse in Python oder R; Erfahrung mit einem modernen Deep-Learning-Framework; Erfahrung im Aufbau effizienter und wiederverwendbarer Software ist von Vorteil.
• Solide Kenntnisse im Bereich des maschinellen Lernens.
• Erfahrung mit der Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten (Single-Cell RNA-seq, ATAC-seq, Multiome) ist sehr wünschenswert.
• Interesse an Genomik, Genregulation und/oder Entwicklungsbiologie.
• Fähigkeit, sowohl unabhängig als auch im Team in einem interdisziplinären Umfeld zu arbeiten.

Vorteile:

• Internationales Arbeitsumfeld mit Kommunikation in Englisch und Deutsch.
• Interessante Karrierechancen und eine Vielzahl von Möglichkeiten zur weiteren Qualifikation und Weiterbildung.
• Vereinbarkeit von Familie und Beruf, zertifiziert durch das audit berufundfamilie.
• Unterstützung für „Neue Berliner“ durch das MDC Welcome & Family Office.
• Vergütung gemäß dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst (TVöD-Bund), einschließlich zusätzlicher betrieblicher Altersvorsorge.
• Sichere Anstellung.
• Flexible Arbeitszeiten und Unterstützung bei der Kinderbetreuung.
• Die Möglichkeit des mobilen Arbeitens.
• Ein idyllischer grüner Campus, der leicht mit dem Fahrrad, öffentlichen Verkehrsmitteln oder dem Auto erreichbar ist.
• Kostenlose Nutzung von Nextbike vom S-Bahnhof Buch zum Campus.
• Subvention für das Jobticket sowie Rabatte in der Mensa auf dem Campus.
• Gesundheits- und Fitnesszentrum auf dem Campus.
• Zusätzliche Gesundheitsleistungen wie Grippeschutzimpfung, Sehtest, ergonomische Beratung am Arbeitsplatz.

Kontakt:

Markus Mittnenzweig AG Mittnenzweig