Auf einen Blick
- Aufgaben: Entwickle innovative Methoden zur Verbesserung der Orthologie-Rekonstruktion in Pflanzen.
- Unternehmen: SIB Swiss Institute of Bioinformatics / Universität Lausanne mit interdisziplinärer Forschungsumgebung.
- Vorteile: Zugang zu großen genomischen Datensätzen und internationale Kollaborationsmöglichkeiten.
- Weitere Informationen: Flexible Projekte mit Raum für unabhängige methodische Entwicklung.
- Warum dieser Job: Arbeite an spannenden Projekten zur Verbesserung der Pflanzenforschung mit KI-gestützten Ansätzen.
- Qualifikationen: PhD in Bioinformatik oder verwandten Bereichen und starke Programmierkenntnisse in Python.
Das prognostizierte Gehalt liegt zwischen 45000 - 65000 € pro Jahr.
Eine Position als Research Scientist ist in der Comparative Genomics-Gruppe von Dr. Natasha Glover und Prof. Christophe Dessimoz am SIB Swiss Institute of Bioinformatics / Universität Lausanne verfügbar. Pflanzengenome stellen große Herausforderungen für die Orthologe-Inferenz dar, einschließlich hoher Duplikationsraten, Expansion von Genfamilien, Genomumstellungen, Hybridisierung, Introgression und variabler Annotationsqualität.
Der erfolgreiche Kandidat wird neue Ansätze entwickeln und benchmarken, um die HOG-Inferenz zu verbessern, indem zusätzliche Evidenzquellen integriert werden, insbesondere Proteinstruktur und Syntenie. Der Research Scientist wird erwartet:
- Methoden zur Verbesserung der Orthologe-Rekonstruktion und HOG-Inferenz in Pflanzen zu entwickeln.
- Informationen zur Proteinstruktur in den OMA-Orthologe-Inferenz-Workflow zu integrieren, um die Erkennung tiefer Homologie zu verbessern und HOGs zu verfeinern.
- Großangelegte Orthologe-Inferenz und Benchmarking auf Pflanzendatensätzen durchzuführen, einschließlich Genomsammlung, Qualitätskontrolle, Inferenz des Artenbaums und FastOMA-basierte HOG-Rekonstruktion.
- Benchmark-Datensätze kuratierter Pflanzen-Gene-Familien aufzubauen oder zusammenzustellen, einschließlich Fällen mit Duplikationen und einer breiten taxonomischen Stichprobe.
- Methodische Verbesserungen mithilfe sowohl kuratierter Gene-Familien-Benchmarks als auch großangelegter referenzfreier Metriken zu evaluieren, wie z.B. HOG-Vollständigkeit, Größe des ancestral gene repertoire, Duplikationsmuster und Konsistenz über taxonomische Ebenen hinweg.
- Zu erkunden, wie maschinelles Lernen verwendet werden könnte, um Sequenz-, Struktur-, Syntenie- und phylogenetische Informationen für verbesserte Homologie- und Orthologe-Inferenz zu kombinieren.
- Wiederverwendbare, Open-Source-Software und Workflows zu entwickeln, die über die GitHub-Repositories der Gruppe verfügbar gemacht werden.
- Ergebnisse zur Veröffentlichung in peer-reviewed wissenschaftlichen Zeitschriften vorzubereiten.
- Zum breiteren Comparative QTLomics-Konsortium beizutragen, dessen übergeordnetes Ziel es ist, die Priorisierung von Kandidatengenen zu verbessern, indem AI-unterstützte QTL-Extraktion aus der Literatur, vergleichende evolutionäre Genomik und funktionale Datenintegration kombiniert werden.
Die genaue methodische Richtung wird gemeinsam mit dem Kandidaten festgelegt, abhängig von dessen Fachkenntnissen. Der erfolgreiche Kandidat wird eng mit einem interdisziplinären Team an dem von SNSF finanzierten Projekt AI-driven Comparative QTLomics zusammenarbeiten, das darauf abzielt, die Verbesserung von Nutzpflanzen zu beschleunigen, indem AI-unterstütztes Literatur-Mining, Orthologe-Inferenz, vergleichende Genomik, Koevolution, Koexpression und funktionale Daten integriert werden, um die Verbesserung von Nutzpflanzen über Arten hinweg zu beschleunigen. Zu den Mitarbeitern gehören Forscher am SIB, der Universität Lausanne, der Aarhus Universität und der Aalborg Universität.
Profilanforderungen
Bewerber sollten Folgendes haben:
- Ein PhD in computergestützter Biologie, Bioinformatik, evolutionärer Genomik, struktureller Bioinformatik, Informatik oder einem verwandten Bereich.
- Starke Programmierkenntnisse, vorzugsweise in Python.
- Erfahrung in Linux- und HPC-Umgebungen.
- Erfahrung mit reproduzierbaren computergestützten Workflows und großangelegten biologischen Datensätzen.
- Ein starkes Interesse an der Methodenentwicklung für vergleichende Genomik, evolutionäre Biologie oder biologische Datenintegration.
Bewerber sollten auch Expertise in einem oder mehreren der folgenden Bereiche haben:
- Vergleichende Genomik oder evolutionäre Genomik.
- Orthologe-Inferenz oder Rekonstruktion von Genfamilien.
- Strukturelle Bioinformatik oder Analyse der Proteinstruktur.
- Syntenie-Analyse oder Genom-Evolution.
- Phylogenetik oder Phylogenomik.
- Maschinelles Lernen oder KI, die auf biologische Daten angewendet wird.
Erfahrung mit Linux, Python, HPC-Umgebungen und reproduzierbaren computergestützten Workflows wird erwartet. Vorherige Erfahrung mit Pflanzenbiologie ist wünschenswert, aber nicht erforderlich. Wir ermutigen Bewerbungen von Kandidaten mit übertragbaren computergestützten oder methodologischen Fachkenntnissen aus angrenzenden Bereichen.
Was wir bieten
Ein interdisziplinäres und kollaboratives Forschungsumfeld am SIB und UNIL. Die Möglichkeit, neue Methoden in der vergleichenden Genomik, Orthologe-Inferenz und AI-unterstützter biologischer Datenintegration zu entwickeln. Zugang zu großangelegten genomischen, phylogenomischen und Proteinstruktur-Datensätzen. Kooperationsmöglichkeiten mit UniProt und internationalen Gruppen der Pflanzen-Genomik. Möglichkeit für internationale Kooperationen und Forschungsaustausche. Ein flexibles Projekt mit Raum für unabhängige methodologische Entwicklung.
Die Position ist innerhalb der Comparative Genomics Group am SIB in Lausanne, Schweiz, angesiedelt, die weit verbreitete Ressourcen und Methoden der vergleichenden Genomik entwickelt, einschließlich OMA, FastOMA, OMArk, HOGProf und verwandte Werkzeuge.
Research Scientist Arbeitgeber: SIB Swiss Institute of Bioinformatics
Das SIB Swiss Institute of Bioinformatics und die Universität Lausanne bieten eine herausragende Arbeitsumgebung für Forschung und Innovation im Bereich der vergleichenden Genomik. Mit einem interdisziplinären Team und Zugang zu umfangreichen genomischen Datensätzen fördern wir eine Kultur der Zusammenarbeit und des Wissensaustauschs, während wir gleichzeitig individuelle Entwicklungsmöglichkeiten und internationale Forschungskooperationen unterstützen. Unsere flexiblen Projekte ermöglichen es den Mitarbeitenden, ihre eigenen methodologischen Ansätze zu entwickeln und einen bedeutenden Beitrag zur Verbesserung der Pflanzenzüchtung zu leisten.
Kontaktdaten:
SIB Swiss Institute of Bioinformatics Recruiting-Team
StudySmarter Expertenrat🤫
Wir sind der Meinung, dass Sie so Research Scientist erhalten könnten
✨Nutz die Wissenschafts-Community!
In der Biologie gibt es tolle Labor- und Forschungsnetzwerke. Schau dir Plattformen wie ResearchGate oder LinkedIn-Gruppen für Biologen an, um mit Gleichgesinnten zu vernetzen und über aktuelle Stellenangebote in der Branche informiert zu bleiben.
✨Finde relevante Konferenzen und Events
Besuche branchenspezifische Konferenzen oder Workshops, um Kontakte zu knüpfen und potenzielle Arbeitgeber direkt zu treffen. Das ist eine super Möglichkeit, um in die Branche reinzuschnuppern und dein Netzwerk zu erweitern!
✨Nutze Praktika und Forschungsprojekte
Viele Unternehmen im biologischen Bereich bieten Vollzeitstellen für Leute, die schon Erfahrung durch Praktika oder projektbasierte Arbeiten gesammelt haben. Schau dir deine Uni oder lokale Institute an – die haben oft Kontakte.
✨Bewirb dich direkt über uns!
Wenn du auf der Suche nach einer Vollzeitstelle im Bereich Biologie bist, zögere nicht und bewirb dich direkt über unsere Website bei SIB Swiss Institute of Bioinformatics. Wir haben oft spannende Jobangebote, die genau auf deine Qualifikationen zugeschnitten sind!
Wir glauben, dass du diese Fähigkeiten brauchst, um Research Scientist mit Bravour zu bestehen
Einige Tipps für deine Bewerbung 🫡
Zeig deine Leidenschaft für Biologie:In deinem Anschreiben solltest du deutlich machen, warum du dich für Biologie begeisterst und welche Aspekte dir besonders am Herzen liegen. Erzähl uns von Projekten oder Studienrichtungen, die dich geprägt haben – das gibt deiner Bewerbung eine persönliche Note!
Füge relevante Forschung oder Praktika hinzu:Für eine Vollzeitstelle in der Biologie ist es wichtig, dass du relevante Erfahrungen in Forschung oder Praktika auflistest. Vergiss nicht, spezifische Techniken oder Methoden zu erwähnen, die du beherrschst. Das zeigt uns, dass du die praktische Seite der Biologie wirklich verstehst!
Tabellarischer Lebenslauf – klar und prägnant:Achte darauf, dass dein Lebenslauf übersichtlich und gut strukturiert ist. Listen punktuell deine Erfahrungen, Ausbildungen und relevanten Fähigkeiten auf. Verwende dabei klassische Kategorien, die für die Biologie relevant sind, wie z.B. Laborkenntnisse oder spezifische Software, die du genutzt hast.
Überzeuge mit relevanten Zertifikaten:Falls du zusätzliche Zertifikate oder Kurse im Bereich Biologie oder verwandten Fächern hast, erwähne diese unbedingt! Das kann deinen Lebenslauf aufwerten und zeigt uns, dass du bereit bist, ständig zu lernen und dich weiterzuentwickeln. Bewerb dich direkt über unsere Website – wir freuen uns auf deine Einsendung!
Wie man sich auf ein Vorstellungsgespräch bei SIB Swiss Institute of Bioinformatics vorbereitet
✨Forschungsprojekte im Gepäck
Bereite dich darauf vor, deine Erfahrungen aus bisherigen Forschungsprojekten oder Praktika zu teilen. Zeige konkret, wie du Methoden in Biologie angewendet hast, und sei bereit, über die Ergebnisse zu diskutieren. Das gibt dem Interviewer einen guten Einblick in dein praktisches Wissen.
✨Vertraut mit Labortechniken
In der Biologie sind technische Fähigkeiten entscheidend. Sei bereit, Fragen zu spezifischen Labortechniken wie PCR, Mikroskopie oder Zellkultur zu beantworten. Vielleicht wirst du sogar gebeten, eine praktische Demonstration deiner Fähigkeiten zu machen!
✨Warum möchten wir hier arbeiten?
Da es sich um eine Vollzeitstelle handelt, ist es wichtig, dein langfristiges Interesse an dem spezifischen Bereich der Biologie zu zeigen. Überlege dir genau, warum dich die Forschung oder die Projekte von SIB Swiss Institute of Bioinformatics reizen. Überlege auch, wie du dich da sehen kannst, etwa in einem Jahr oder zwei.
✨Erstelle dein biologisches Portfolio
Falls du schon an relevanten Arbeiten oder Veröffentlichungen beteiligt warst, bringe ein Portfolio mit oder präsentiere deine digitalen Arbeiten. Das kann ein echter Pluspunkt sein, um deine Leidenschaft für Biologie und deine wissenschaftlichen Fähigkeiten zu unterstreichen.
