Auf einen Blick
- Aufgaben: Verwalte Daten und Computing-Infrastruktur für innovative biomedizinische Forschung.
- Unternehmen: Fakultät für Medizin an der Universität Basel mit einem Fokus auf Vielfalt und Inklusion.
- Vorteile: Wettbewerbsfähiges Gehalt, flexible Arbeitszeiten und ein unterstützendes Teamumfeld.
- Weitere Informationen: Dynamisches Umfeld mit hervorragenden Entwicklungsmöglichkeiten.
- Warum dieser Job: Trage zur Gesundheitsforschung bei und arbeite mit einzigartigen Datensätzen aus internationalen Kohorten.
- Qualifikationen: Abschluss in Bioinformatik oder verwandten Bereichen und Erfahrung mit Datenmanagement.
Das prognostizierte Gehalt liegt zwischen 49500 - 60500 € pro Jahr.
Vom 1. Juni 2027 oder nach Vereinbarung | zunächst befristet auf 4 Jahre mit der Möglichkeit zur Verlängerung. Die Abteilung für Biomedizinische Technik ist Teil der Medizinischen Fakultät der Universität Basel. Sie trägt zu einer besseren Zukunft bei, indem sie die Gesundheitsbedürfnisse durch innovative biomedizinische Forschung und technische Lösungen erfüllt und grundlegende Wissenschaft in medizinisches Wissen und Innovationen im Gesundheitswesen übersetzt.
Das Pediatric Disease Modeling Lab sucht einen Data and Computing Technician, um das Daten- und Computerfundament einer wachsenden Forschungsgruppe aufzubauen und zu pflegen. Unsere Mission ist es, zu verstehen, wie frühe Expositionen gegenüber dem Mikrobiom die lebenslange Gesundheit durch ihren Einfluss auf das sich entwickelnde Immunsystem prägen. Wir entwickeln mathematische Modelle der Mikrobiom-Immunsystem-Koentwicklung, um zu quantifizieren, wie frühe Störungen des Mikrobioms die antimikrobielle Resistenz, die Dynamik von Infektionskrankheiten und nicht übertragbare Krankheiten beeinflussen, mit dem Ziel, unsere Erkenntnisse in umsetzbare Strategien für die pädiatrische Versorgung zu übersetzen.
Ihre Hauptaufgaben umfassen:
- Datenmanagement und Governance: Pflege der Datenmanagementpläne des Labors; Implementierung sicherer Speicherung, Zugangskontrolle und Pseudonymisierung gemäß den Datenübertragungsvereinbarungen, Ethikgenehmigungen sowie Schweizer und EU-Datenschutzanforderungen; Organisation des sicheren Empfangs und Transfers von Daten mit Partnerkohorten.
- Forschungsrechnen: Verwaltung der Rechen- und Speicherressourcen des Labors auf der Hochleistungsrecheninfrastruktur der Universität Basel (sciCORE), Pflege von Softwareumgebungen und gemeinsamen Werkzeugen sowie Bereitstellung von IT-Support für das Team.
- Aufbau und Pflege reproduzierbarer Datenverarbeitungs-Pipelines: z.B. Snakemake oder Nextflow, Container, Versionskontrolle.
- Datenharmonisierung: Standardisierung klinischer Metadaten über Kohorten mit unterschiedlichen Datenerhebungsprotokollen und Aufbau eines gemeinsamen Datenwörterbuchs.
- Sequenzierungsdatenverarbeitung: Qualitätskontrolle und taxonomische Klassifikation von 16S- und Shotgun-Metagenomdaten sowie Verarbeitung anderer Omik-Schichten, wo nötig.
- Erstellung und Versionierung von analysierbaren Datensätzen: für das Modellierungsteam mit klarer Dokumentation und Herkunftsverfolgung.
- Dokumentation von Daten und Arbeitsabläufen: Unterstützung der Teammitglieder beim Datenzugang und den besten Praktiken.
Ihr Profil:
- Erforderlich: Abschluss (BSc oder MSc) in Bioinformatik, Informatik, Datenwissenschaft oder einem verwandten Bereich oder gleichwertige Berufserfahrung.
- Solide Erfahrung mit Linux, Git, Hochleistungsrechenumgebungen und Skripting in Python und/oder R.
- Erfahrung in der Verarbeitung von Sequenzierungsdaten, insbesondere Mikrobiomdaten (16S oder Shotgun-Metagenom).
- Erfahrung mit Datenmanagementpraktiken: Daten dokumentieren, versionieren, Qualitätskontrolle und strukturierte Datenformate oder Datenbanken.
- Ausgezeichnete schriftliche und mündliche Englischkenntnisse und die Fähigkeit, effektiv mit Wissenschaftlern zu kommunizieren.
Wir bieten Ihnen eine Schlüsselrolle in der technischen Erweiterung einer Forschungsgruppe, die durch zwei große Startstipendien gefördert wird, mit einem vierjährigen Vertrag und der Möglichkeit zur Verlängerung. Arbeiten Sie mit einzigartigen longitudinalen Datensätzen aus internationalen pädiatrischen Kohorten in einem stimulierenden, interdisziplinären Umfeld an der Schnittstelle von computergestützter Wissenschaft und pädiatrischer Gesundheit, eingebettet im Lebenswissenschaftsökosystem von Basel.
Die Position ist ab dem 1. Juni 2027 oder später nach gegenseitiger Vereinbarung verfügbar. Der Vertrag ist zunächst auf vier Jahre befristet, mit der Möglichkeit einer Verlängerung. Die Überprüfung der Bewerbungen beginnt sofort und dauert an, bis die Position besetzt ist. Bitte reichen Sie Ihre Bewerbung über das Recruiting-Portal der Universität Basel ein, indem Sie die folgenden Dokumente einreichen: (A) ein Anschreiben, in dem Sie Ihre Motivation und relevante Erfahrung beschreiben, (B) einen vollständigen Lebenslauf, (C) Kontaktdaten von mindestens zwei Referenzen, die bereit sind, auf Anfrage Empfehlungsschreiben abzugeben.
Data and Computing Technician (50%) Arbeitgeber: Universität Basel
Die Universität Basel ist ein hervorragender Arbeitgeber, der seinen Mitarbeitenden eine langfristige Perspektive in einem stabilen und zukunftsorientierten Umfeld bietet. Mit einer sorgfältigen Einarbeitungsphase und kontinuierlichen Weiterbildungsmöglichkeiten fördert die Universität aktiv das Wachstum ihrer Angestellten. Die offene und serviceorientierte Arbeitskultur ermöglicht es Ihnen, direkt mit Dozierenden und Veranstaltenden zusammenzuarbeiten und Ihre technischen Fähigkeiten in einem internationalen und dynamischen Team weiterzuentwickeln.
