PhD/Postdoc position in computational biology to elucidate NR2F1 dosage dependent regulatory ne[...]

Das Universitätsklinikum Heidelberg ist eines der größten Gesundheitszentren in Deutschland. Unser Ziel ist die Entwicklung innovativer Diagnostik und Therapien sowie deren schnelle Implementierung für die Patienten. Mit etwa 14.000 Mitarbeitern in mehr als 50 spezialisierten Kliniken mit fast 2.500 Betten werden jährlich etwa 80.000 Patienten stationär und 1.000.000 Patienten ambulant behandelt.

Wir suchen einen engagierten Postdoc/PhD, um unsere Forschungsgruppe zu verstärken und die Genregulation in der Neuroentwicklung zu untersuchen, insbesondere wie die Dosis von NR2F1 die Spezifikation neuronaler Linien und die Bildung kortikaler Schaltkreise beeinflusst. NR2F1 ist ein wichtiger Transkriptionsfaktor, der die embryonale neuronale Entwicklung steuert. Mutationen und Deletionen von NR2F1 führen zum Bosch-Boonstra-Schaaf-Optikusatrophie-Syndrom (BBSOAS). Durch die Verwendung neuronaler Zellen, die aus CRISPR/Cas9-entwickelten menschlichen induzierten pluripotenten Stammzellen (hiPSC) abgeleitet sind, modellieren wir unterschiedliche NR2F1-Dosen, um deren Auswirkungen auf die neuronale Differenzierung zu untersuchen.

Durch die Integration zeitlich aufgelöster Bulk-Daten (RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, Hi-C) aus in 2D kultivierten neuronalen Linien und Einzelzell-Multi-Omics-Daten (scRNA-seq, scATAC-seq, Multiome), die in 3D-Vorderhirn-Dorsalorganoiden generiert wurden, zielen wir darauf ab, regulatorische Netzwerke zu kartieren, die empfindlich auf NR2F1-Expressionsniveaus reagieren. Unsere Gruppe untersucht die grundlegenden Prinzipien der embryonalen neuronalen Entwicklung durch die Kombination von Genomik, Genbearbeitung und Bioinformatik. Wir bieten ein internationales, dynamisches und unterstützendes Forschungsumfeld, das Kreativität und berufliches Wachstum fördert.

Die AG Laugsch ist in Heidelbergs hervorragendes Netzwerk der computergestützten Biologie eingebettet und fördert enge Kooperationen mit Experten wie Carl Herrmann (Institut für Pharmazie und Molekulare Biotechnologie) und Julio Saez-Rodriguez (Systembiomedizin, Institut für Computergestützte Biomedizin).

Wenn Sie ein neugieriger Forscher sind, der interdisziplinäre Teamarbeit schätzt und komplexe biologische Fragen durch Daten angeht, würden wir uns freuen, von Ihnen zu hören. Die Bewerbung muss Ihr Motivationsschreiben, eine kurze Erklärung Ihrer wissenschaftlichen Interessen, Kontaktdaten von drei Referenzen, Ihren Lebenslauf, eine getrennte Publikationsliste und relevante Zertifikate enthalten.

Ihre Aufgaben:

• Einrichtung von computergestützten Pipelines zur Analyse und Integration von Einzelzell-Multi-Omics-Daten (scRNA-seq, scATAC-seq, Multiome), um genregulatorische Netzwerke in 3D-Vorderhirn-Dorsalorganoiden zu rekonstruieren und pathophysiologische Konsequenzen einer abweichenden NR2F1-Dosis zu bestimmen.
• Entwicklung und Aufbau einer interaktiven, offenen Webplattform zur Visualisierung und Nutzung von Multi-Omics-Datensätzen.
• Integration neu generierter Daten mit internen und öffentlich verfügbaren Datensätzen, um Ergebnisse im robusten biologischen Kontext zu interpretieren.
• Sicherstellung der Reproduzierbarkeit, Datenverwaltung und Dokumentation von computergestützten Arbeitsabläufen in Hochleistungsrechenumgebungen.
• Enge Zusammenarbeit mit Experten der computergestützten Biologie an der Universität und angeschlossenen Instituten sowie mit experimentellen Forschern (Wet-Lab) in der AG Laugsch, um eine genaue Dateninterpretation und -integration zu unterstützen.
• Pflege einer klaren Dokumentation der Analysen und computergestützten Arbeitsabläufe auf eLab und Bereitstellung regelmäßiger Fortschrittsberichte und Updates.
• Aktive Teilnahme an regelmäßigen Journal Clubs und Institutsbesprechungen. Präsentation von Ergebnissen bei Labortreffen und internationalen Konferenzen sowie Mitwirkung an Manuskripten und Förderanträgen.

Ihr Profil:

• Starker Hintergrund in Bioinformatik oder computergestützter Biologie.
• Praktische Erfahrung mit der Vorverarbeitung von Omics-Daten, Pipeline-Entwicklung und Hochleistungsrechnen.
• Kenntnisse in R oder Python sowie Shell-Scripting.
• Interesse an Genregulation und Entwicklungsbiologie.
• Optionale vorherige Erfahrung mit epigenomischen Datenanalysen oder der Ableitung von genregulatorischen Netzwerken.
• Fähigkeit, unabhängig und kollaborativ in einem multidisziplinären Umfeld zu arbeiten.
• Ausgezeichnete schriftliche und mündliche Englischkenntnisse.

Was wir bieten:

• Tariflich vereinbarte Vergütung TV-L E13, attraktive betriebliche Altersvorsorge (VBL).
• 30 Tage Urlaub.
• Nachhaltige Reisemöglichkeiten: Jobticket.
• Familienfreundliches Arbeitsumfeld: Kooperative Regelungen für Kinderbetreuung, Zuschüsse für die Urlaubsbetreuung von Kindern, Beratung für Mitarbeiter mit pflegebedürftigen Angehörigen.
• Umfangreiches Angebot an Gesundheits-, Präventions- und Sportangeboten.
• Die Möglichkeit, wissenschaftlich zu publizieren, wird angeboten und unterstützt.
• Die Möglichkeit zur Promotion.

Kontakt & Bewerbung:

Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte per E-Mail an Dr. rer. nat. Magdalena Laugsch. Interessiert? Bewerbungen werden bis zum 31.08.2026 online angenommen. Dr. rer. nat. Magdalena Laugsch, Gruppenleiterin +49 6221 56-39128.

Hinweis: Das UKHD unterliegt den Bestimmungen des Infektionsschutzgesetzes. Daher ist ein gültiger Nachweis über die Masernimmunität für alle Personen, die am UKHD beschäftigt sind, erforderlich. Das UKHD schätzt Vielfalt und legt Wert auf Inklusion. Unabhängig von Alter, Geschlecht, sexueller Identität, Behinderung, Herkunft oder Religion bieten wir allen gleiche Chancen. Bei gleicher Eignung, Kompetenz und beruflicher Leistung wird bei der Berücksichtigung von Bewerbungen für offene Stellen bevorzugt, wer schwerbehindert ist.