PhD position in Computational Phylogenetics 100 %

In diesem spannenden PhD-Projekt entwickeln Sie neuro-symbolische Methoden, die das mechanistische Fundament der klassischen Phylogenetik beibehalten und die repräsentative Vielfalt von genomischen LLMs integrieren.

Ihre Rolle:

• Genomsequenzen werden als sich entlang binärer phylogenetischer Bäume entwickelnd modelliert durch stochastische string-wertige Substitutions- und Einfüge-Löschprozesse (indel).
• Gegeben eine Menge gegenwärtiger Sequenzen sind klassische Inferenzprobleme in der Phylogenetik: (i) Homologieinferenz (ii) Baum-Inferenz und (iii) Rekonstruktion der Vorfahren-Sequenz.
• Ein zentrales Anliegen unserer jüngsten Arbeiten war es, schnelle frequentistische indel-bewusste Ansätze für diese Probleme zu entwickeln.
• Für die Handhabbarkeit müssen die Modelle in den meisten Fällen annehmen, dass Residuen unabhängig über Standorte hinweg evolvieren. In Wirklichkeit werden Mutationswahrscheinlichkeiten durch den Sequenzkontext beeinflusst, einschließlich positionsspezifischer struktureller und funktioneller Einschränkungen.
• In den letzten Jahren hat die Konvergenz von computergestützter Biologie und datengestützten Methoden zur Entwicklung von genomischen großen Sprachmodellen (gLLMs) geführt, die kontextabhängige Abhängigkeiten modellieren können.
• Aufbauend auf unserer bisherigen Arbeit ist es unser Ziel, neuro-symbolische Methoden zu entwickeln, die das mechanistische Fundament der klassischen Phylogenetik beibehalten und die repräsentative Vielfalt von gLLMs integrieren.
• Als PhD-Student werden Sie Mutationsmodelle entwerfen, Inferenzalgorithmen entwickeln, diese in unserem Rust-Code-Basis implementieren und die Methoden durch Simulation und mit realen Daten evaluieren.

Ihr Profil:

• Sie sollten einen MSc in Informatik, Computational Science, Computational Biology, Statistik / Angewandte Mathematik oder einem verwandten quantitativen Bereich haben, mit einem starken Hintergrund in:
• Algorithmen, insbesondere kombinatorische Optimierung
• Stochastische Modellierung
• Computational inferential statistics
• Programmierung, idealerweise in Rust und/oder C++
• Kenntnisse in der Phylogenetik und/oder ein Verständnis von neuronalen Netzwerken sind von Vorteil.

Was wir vertreten:

Die Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften ZHAW ist eine der größten multidisziplinären Fachhochschulen der Schweiz mit über 14.000 Studierenden und 3.400 Lehrenden und Mitarbeitenden.

Lebenswissenschaften und Facility Management: Studium und Forschung in Wädenswil: praktisch, kreativ, leidenschaftlich und reflektierend. Unsere Expertise in Lebenswissenschaften und Facility Management in den Bereichen Umwelt, Ernährung und Gesundheit ermöglicht es uns, einen wesentlichen Beitrag zur Lösung gesellschaftlicher Herausforderungen und zur Verbesserung der Lebensqualität zu leisten.

Die PhD-Position ist am Forschungszentrum für Bioinformatik angesiedelt, das von Dr. Gil und Prof. Anisimova geleitet wird. Sie wird durch ein DIZH Senior Fellowship finanziert, das Dr. Gil verliehen wurde. Der PhD-Student wird formal an der Universität Zürich eingeschrieben. Unser Zentrum ist Teil des Schweizerischen Instituts für Bioinformatik, das zusätzliche Schulungs- und Networking-Möglichkeiten bietet.

ZHAW setzt sich für geschlechtergemischte und vielfältige Teams ein, um Gleichheit, Vielfalt und Innovation zu fördern.

Was Sie erwarten können:

Wir bieten Arbeitsbedingungen und Beschäftigungsbedingungen, die den Hochschulen entsprechen, und fördern aktiv die persönliche Entwicklung von Mitarbeitenden in Führungs- und Nicht-Führungspositionen. Eine detaillierte Beschreibung der Vorteile und Leistungen finden Sie unter Arbeiten an der ZHAW. Die wichtigsten Punkte sind unten aufgeführt:

Kontakt:

Dr. Gil
Co-Leiter FS Bioinformatik
Jocelyn Schaad
Recruiting Manager